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细胞生物学家的Imaris

细胞生物学家的Imaris包是理想的研究人员在几个生命科学学科谁需要广泛的功能研究细胞和有机体。除了Imaris经过验证的3D/4D可视化和分析工具,Imaris for Cell biology还提供了基于智能细胞的分割功能,在每个细胞的基础上进行分析,并发现细胞内的关系。该包包括自动跟踪、细胞分裂检测和交互式谱系树的创建,以及统计测试和用于Matlab、Java或Python定制的双向接口。

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细胞和细胞器的自动检测

Cell生物学家的Imaris提供多种选项来通过逐步向导来检测和建模生物相关结构,其中逐步向导是在工作流程中的每个点的结果的预览。

表面

使用Imaris表面精确可视化和测量细胞器,细胞核,生物膜,细胞,组织,器官,胚胎以及类器官:

  • 计算机生成的数据集中感兴趣区域的表示
  • 可以计算和可视化的数据设置大小的数百千兆字节(从imaris 9提供的技术)
  • 充当一个容器,从中可以计算所有所需的统计信息
  • 可及时跟踪(位置、形状、强度变化)

利用Imaris斑点检测:颗粒,蛋白质簇,囊泡,核仁,细胞核,中心体,细胞和细菌。

  • 在数据中模拟点状或囊泡状结构。
  • 可以用10s或100多个物体的图像中识别。
  • 计算每个物体的XYZ坐标,可以测量到与其他物体的相对距离
  • 可实时跟踪(5种高性能运动算法)

细胞有细胞器

使用Imaris Cell基于细胞质或质子膜标记的细胞智能检测。可以检测细胞质,细胞核,核仁和各种囊泡的囊泡,并在完整的细胞对象内分析。

  • 同时切割多个生物成分(例如基于膜或细胞质标记的细胞、细胞核、溶酶体、囊泡)
  • 对每个单元的图像分析(例如,每个单元的囊泡数,来自细胞边界的每个囊泡的距离)
  • 测量从囊泡或其他细胞器到细胞膜或细胞核边界的相对距离

膜标签

使用Imaris Cell检测荧光信号仅位于它们的表面上(即仅具有膜或细胞壁标记)的物体的检测。模拟精确的形状和报告测量,例如压接电池的体积或表面积。

  • 精确的片断接触或稀疏的物体,如细胞与质膜,核膜或细胞壁只染色
  • 使用2D切片器检测各个方向的分割质量
  • 统计指定感兴趣区域内的对象(整个数据集或子集)
  • 报告体积,边界框长度和球形等形态学测量

在现实生活条件下跟踪运动

Imaris为细胞生物学家是最强大的商业软件活细胞跟踪和分析。它能应对监测生物系统时间变化的挑战。用户可以选择多种复杂的自动跟踪算法,手动跟踪选项以及一个直观和交互式跟踪编辑工具。

在3D或2D跟踪运动

  • 使用提供的算法之一自动跟踪感兴趣的对象
  • 处理数千个物体和时间点
  • 使用多个可视化选项表示轨迹或位移
  • 计算平均和瞬时速度,加速度
  • 手动创建和编辑轨道

跟踪细胞分裂和谱系(标记细胞核)

  • 使用提供的谱系算法设计跟踪分裂细胞和细胞核
  • 探索从一个祖细胞到最后一代的细胞命运
  • 自动创建可编辑的沿袭树
  • 标记选定的谱系树分支与彩色标签,并分析每个谱系的数据
  • 计算Cell Cycle Duration, Generation, Time Since First Division, Time Since Previous Division

跟踪细胞分裂和谱系(膜标签)

  • 使用提供的最大重叠算法设计跟踪分裂细胞与膜标签,彼此接触。
  • 探索从一个祖细胞到最后一代的细胞命运
  • 自动创建可编辑的沿袭树
  • 标记选定的谱系树分支与彩色标签,并分析每个谱系的数据
  • 计算Cell Cycle Duration, Generation, Time Since First Division, Time Since Previous Division

统计和测量

在分割图像数据后,Imaris计算了所有检测到的对象的大范围统计数据:细胞、表面和斑点。所有值都可以用于颜色编码,在Imaris中绘制(使用Vantage绘图)或导出。csv或。xls文件格式。下面列出的参数是生物学家最常用的统计类型。Imaris报道更多。

运动分析
  • 平均速度
  • 瞬时速度
  • 加速度
  • 轨道长度
  • 细胞周期时间
细胞
  • 体积
  • 每个细胞囊泡
  • 距离膜
  • 每个核囊泡
  • 到细胞中心的距离
  • 号码(计数)
  • 位置(x,y,z)
  • 点之间的距离
  • 到地面物体的距离
  • 速度
表面
  • 区域
  • 体积
  • 强度
  • elipcity.
  • 球形

绘制,统计测试和群体比较

细胞生物学家的Imaris包括一种无缝集成的工具,用于探讨实验组之间的差异(例如,对照VS测试) - imarisvantage。它允许创建交互式图,这有助于说明对象测量或对象组之间的关系/模式/差异,并揭示隐藏的关系。

散点图

  • 通过在2D/3D交互式Vantage图上绘制数据,探索数据中的隐藏关系
  • 选择最多五个测量值,它们将在x, y, z轴,大小和颜色内表示
  • 选择Vantage Plot中的感兴趣对象,并在3D空间中探索它们

组比较(3 d)

  • 将图像分析协议应用于同一类型的多个数据集(即控制和测试组)
  • 从多个数据集上传对象到相同的Vantage图
  • 通过选择轴的不同测量值来比较组间的测量值

统计测试

  • 从一个或多个图像或一组图像中为选定的测量创建一维单变量散点图
  • 报告成对的结果:T检验,F-Test,Kolmogorov-Smirnov和Wilcoxon
  • 导出您的情节在准备使用格式的论文和演示文稿

可视化和动画导出

iMaris提供了一组完整的特征,可从静态2D图像可视化多通道显微镜数据集到3D时间序列,无论其大小和格式如何。使用Imaris for Cell Biologists用户可以:

细胞生物学家使用Imaris的进一步好处

Imaris细胞生物学家包提供了更多的优势和灵活性,在实验期间体验完整的分析自由。

图像数据管理

竞技场 - 将您的图像数据组织成逻辑组

  • 组织和管理所有与图像数据相关的资源(如原始数据、分割结果、图像分析协议)
  • 将你的图像组织成“分析”和“组”来代表你的实验结构
  • 搜索所有(或部分)您的图像相关资源
  • 轻松搜索和组织的标签资源

Co-localization

ImarisColoc是量化和记录多种染色生物成分共分布的最强大的共定位分析工具。

  • 可用于2D、3D数据和时间序列的协同定位
  • 共局域区域可以表示为新的3D或4D颜色通道
  • 用户可以扩展或缩小用于协同定位的直方图所在的区域
  • 自动计算:Pearson系数,Mander系数,共同局部体素,共同局限性百分比

自定义的两条接口

Imaris XT模块对用Matlab或Python编写图像分析代码的科学家特别有用,对于所有有复杂的图像分析需求的人来说,Imaris的主要功能没有完全覆盖。伊万里瓷器XT提供:

  • 访问XTensions的现有库—可为特定应用程序修改的自定义图像分析脚本bob综合app官网登录
  • 双向接口从Imaris经典编程语言:Matlab, Java或Python和图像导出/导入斐济
  • 集成自定义算法的能力超过了通用图像处理的可能性。

额外的资源

imaris.学习中心主办了广泛的教程视频,如何到文章和网络研讨会,以指导您通过许多功能的Imaris。我们在下面提供了一些链接,让你开始了解我们的一些最新发展。