Imaris 8.3发行说明

欢迎来到Imaris 8.3发行说明。请看看iMaris发行说明概述有关先前发布的功能和固定错误的信息。

版本日期：2016年5月27日

基于膜的细胞边界检测

使用Imaris的细胞组件，现在可以根据膜信号检测细胞边界，即使没有细胞核信号可用。以下屏幕截图显示了此分段的示例：

算法上，Imaris通过区域合并执行多尺度分水岭以实现该分割。用户可以交互式地调整合并阈值，以立即获得阈值设置的视觉效果。此外，运行基于膜的细胞边界检测后，用户可以转到细胞的“编辑”选项卡，合并或分割未正确分割的细胞。

细胞可视化得到改善

改进了2D切片机上的细胞的可视化便于更容易验证分段结果。新功能包括：

边界渲染细胞作为白线

原始强度与单元颜色叠加的单元区域渲染

细胞颜色选项

细胞现在可以通过ObjectID着色，以便于判别相邻细胞。

血统跟踪算法“最大重叠”的细胞

为了跟踪从膜信号分割的细胞，将“最大重叠”跟踪算法添加到Imaris8.3中。该算法可以跟踪分割单元以产生谱系。

该算法工作如下：对于每个单元格，该算法通过计算与前一时间点的所有单元格的空间重叠并作为其具有最大重叠的细胞的所有单元来搜索先前时间点的母电池。由于Sanity检查何时重叠超过最小值为0.5的重叠而创建母亲的链接。

参考帧组件

参考帧是笛卡尔坐标系，可以定位和定向图像中的任何位置。

手动定位：

• 在超越树中选择参考帧。
• 选择导航模式
• 在执行3D旋转或翻译时按CTRL（按照3D导航）移动参考帧。

自动定位:

• 可以通过斑点，曲面，单元格或细丝的跟踪编辑器选项卡上的“正确漂移”按钮从曲目创建参考帧。然后，它们以这样的方式定位，使得它们“遵循”轨道的运动。
• 可以通过选择Imagealignment-> Set参考帧从图像处理菜单创建参考帧。

参照系影响统计值

在图像坐标和参考帧坐标中报告斑点，小区，表面，细丝的统计值（如果坐标系的选择对值有影响）。

例如，当存在参考帧时，还将在参考帧坐标中报告作为新的统计值“点位置X参考帧”的“点位置X”。对于其他位置值以及类似速度的矢量值以及也取决于参考帧的速度值也是如此。

参考帧播放模式

当在时间序列中使用参考帧时，可以使用“参考帧播放模式”在时间序列中播放，以使所选参考帧在时间序列播放时保持静止。

如果参考帧定位为与对象一起移动，则此播放模式允许以“被跟踪”对象保持静止的方式播放时间序列。

跟踪参考帧坐标

当一个参照系对象存在时，可以选择这个参照系作为执行跟踪的坐标系。这在追踪细胞内部的囊泡运动时很有用。

细胞分裂选项“每个细胞一个细胞核”

imaris8.3有两个选项来执行拆分“每个单元核”：

核心的距离- 将单元内的每个像素分配给它最接近的核。分配给同一核的所有像素构成一个小区。该方法执行核心之间的边界最终“中间”的强大分裂。

细胞通道强度- 细胞核周围的细胞通道的明亮区域被分配给该核，其效果使得细胞之间的边界最终处于低强度区域。当两个细胞未被低强度区域限定时，该方法趋于失效。

“核”选项的“距离”选项在许多情况下类似于先前的“分裂一个核心”方法。

新统计价值

轨道对谱系环境中的位移具有新的统计值：

• 上一科至今的位移
• 以前分区以来的流离失所^ 2
• 细胞周期位移
• 轨道开始以来的时间
• 速度角X，速度角Y，速度角Z

轨道位移定义现在现在是第一个位置到轨道最后一次点处的任何位置的最大距离。此统计数据在8.2中，对于最后一次点中具有多个对象的曲目，不得很好地定义。

每个对象都有一个新的统计值 - 距离原点的距离。

华帝1D统计测试

Vantage1D显示组间比较统计值的单变量分布。在以前版本的Imaris中，可以目视检查分布是否不同。Imaris现在提供统计测试来评估分布之间的差异。Vantage1D中统计测试选项卡中报告的测试如下：

Wilcoxon-Test测试两个样品是否来自具有相同中位数的连续分布。F检验测试两个样本是否来自具有相同方差的正态分布。

T检验测试两个样本是否来自具有相同手段的正态分布。Kolmogorov-Smirnov-Test测试两个样品是否来自同一人群。

用户可以调整置信水平，以及测试是否进行左尾，右尾或两尾。

XT适用于新的MATLAB组件运行时（MCR）版本

Imaris与之前一样使用MCR v7.1（Matlab R2009a/b）以及MCR v8.4（Matlab R2014b），并且可以配置XTensions以使用其他运行Matlab组件运行时。每个XTension指定在xml文件中为哪个MCR编译。与Imaris8.3一起安装的XTensions是为MCR v8.4构建的。

通过直接从imaris首选项自定义池部分开始下载，简化了MATLAB组件运行时的安装。

没有竞技场的imaris.

由于客户的要求，我们决定提供一个没有Arena（也没有批处理功能）的Imaris版本。此版本与Imaris8之前的版本类似，它可以一次打开和保存一个图像。要获得此版本，用户可以选择在安装过程中不使用Arena安装Imaris。

并行流域算法的加速

Imaris中的流域算法仍然遍布并行。这会为以下步骤产生加速（与以前的IMARIS版本相比）：

• 表面 - 分裂触摸对象（区域生长）
• 斑点-不同的斑点大小（区域增长）
• 细胞-通过种子点分裂细胞核
• 细胞-分裂接触细胞
• 细胞-从细胞膜检测细胞边界

修正错误

修复了99个bug（自Imaris 8.2以来）
9399	漂移纠正错误
9381	使用具有单元格的一个时间点的ROI并选择单元格对象崩溃IMARIS
9355	可能选择与imaris一起使用的matlab版本
9344	如果单元格在切片器XY上呈现，区域增长阈值显示不可见
9338	连接两个对象后，轨道划分编辑器中的曲目段和连接的着色不正确。
9332	当用户删除轮廓曲面对象时，imaris关闭
9328	当Leica文件的RecordingDate值不存在时，Imaris使用'-4713-11-24 00:00:00.000'
9326	文件转换器8.2使用OME TIF文件崩溃
9324	与Imaris 8.2.0曲目与LineaGetRack的许可问题
9315.	在本机主题的轨道谱系编辑器使用白色分支连接反对白色背景
9312	参考手册中错误的速度公式
9310.	当竞技场处于活动状态时，imaris在Flash屏幕上的“完成”
9308	打开OME图像会导致DrawVolume调用冻结
9305.	灯丝号枝形树枝插图不明确。
9299	启用核心可见性减慢显示调整响应性
9294	'Filaments points tracks' XTension在试图创建斑点对象时崩溃
9292	灯丝分支层次结构XT不适用于iMaris 8.3与Matlab 2014b
9290	单元分割的自动阈值不适用于批处理
9280.	细胞外囊泡的囊泡具有“1”的CellID（Imaris为零）
9258	无法移动竞技场数据存储位置-未找到文件错误
9244.	带有大量手动编辑对象的文件无法再次打开
9233	使用轮廓线导入iMX文件崩溃曲面生成时的imaris
9231	Spots编辑对话框中的文档链接在向导中进行编辑对话框
9223	自动缓存图像数据如果数据集完全适合分配的RAM
9219	imaris未使用.ims彩色表在首选项中选择了默认颜色
9208	细胞模块的文件，囊泡到细胞核的距离为阴性
9197.	显示帮助在轨道编辑器中不起作用
9180.	灯丝IDS在编辑时更改 - 引起标签的问题
9174	删除一个通道后显示损坏的统计信息
9173	如果在超越图像和未完全读取的文件中打开，请从arena删除图像不会删除磁盘上的文件
9163	“imaris管理员 - 数据管理”的描述缺失
9154.	imaris退出，永远不会加载.nd2文件（nikon sim）
9150.	在所有图像处理操作中没有选择任何通道复选框
9142	如果选择了一个点，则测量点中心无法工作
9140.	快速连续删除包含图像数据的多个分析将导致Imaris崩溃
9138.	“添加/删除（光标与相交）：”的单选按钮在编辑点中被截断
9137.	Ctrl-s不存储数据集
9129.	纠正漂移然后ctrl + z并单击轨道编辑器会导致崩溃
9118	即使禁用许可证，也可以激活注释区域
9115	ImageJ 1.47b(斐济)输出的TIFF的体素校准未读取
9105	轨道编辑器编号在分析数据子集时与帧号不匹配
9103	3D光标在加载新图像时应该消失
9086	合并斑点对象然后重建曲目摊位imaris
9085	在“颜色”选项卡中更改显示的统计信息将导致多个点和曲目显示
9073	三维视图在文件的某些缩放级别上闪烁
9013	效果直方图在旋转标签后消失
8994	ZVI文件导致Imaris崩溃，并显示“内存不足”消息
8993	无法读取压缩的zvi文件
8991.	如果竞技场有许多批量运行，imaris真的很慢
8961	从关联菜单中显示指向不存在页面的标签线索的帮助
8952	通过首选项添加更多统计信息类型后，统计信息选项卡中缺少标签列
8940	细胞参数重复改变
8933	材料编辑器中的颜色类型应恢复为重建时的“基础”
8916	详细解释移动数据库时的Arena Preference选项
8896.	即使在创建灯丝期间，刺将支出刺的分支，即使是未选中的功能。
8886	链接囊泡跟踪-ID与单元格曲目ID
8860.	为灯丝选择特定统计信息仍将显示所有灯丝统计信息
8846.	Fiji中的文件名不是文件系统名称
8797	用于打印的导出数据中的时间列不正确
8783	来自LIF文件的时间戳未正确读取（来自新的LAX软件）
8780.	文件系列检测仅限于“999”文件
8762	从“图像处理-AutoQuant”启动AutoQuant失败
8718.	绘图编号区域双击打开原始图像不适用于1个项目的集合
8701.	MAC不支持需要工作组的凭据
8696.	表面的ROI非常小，不再位于中心
8694	各种失落的环节
8680.	imaris在使用商店后使用“仅限图像”时，使用“仅限图像”在打开文件后不正确地警告用户
8652	无法访问“编辑点”选项（样式表）
8620.	ROI使用的COLOC参数命名是不一致的
8550.	所有脊椎部分长度不正确（许多负值和零值）
8466.	自动路径不会添加Dendrites偶数信号很强
8370	使用存储的创建参数时崩溃
8295.	并非所有z切片都读取了TIFF文件
8028	imaris未读取尼康元素ND2时间间隔（或读取不正确的时间）
7850	向导中的过滤器“忽略”提供虚假结果
7796	重新采样后缺少纹理块（.lif）
7681.	核透明度没有效果
7633	将斑点和曲面导入单元格不适用于不匹配时间
7613.	iMaris在一些加载的TIFF图像上保留文件读取锁
7530.	自由旋转不允许正常编辑轴值
7528	禁用当前选定的统计颜色编码类型可能会导致Imaris切换到其他对象
7449.	编辑单个时间点校准
7423.	大Tiff文件只加载第一帧，而不是整个图像。
7189.	从曲面对象切换时未更新卷统计选项卡
7183.	细胞体分割-按种子点分割不会按预期分割
7152	如果体素大小很小，轮廓工具无法创建表面
7114.	将编译的xtensions更新为最新的matlab版本
7090	如果数据包含z信息，则Imaris无法打开.cxd文件
6889.	多尺度分水岭
5979	重复选择还应复制创建参数
5868	如果使用普通的Matlab或运行时，请使用户显而易见
5692	按种子点分割单元所生成的单元数少于种子点
5330.	imariscell继续错过这些紧密性但清晰的细胞的细胞。
5281.	在Mac上查找已安装MATLAB和MATLAB运行时的位置
5046.	相机漂移校正（不重新采样图像）
4641.	更改图像合成（即添加或删除频道），所有频道都将可见
4508	删除频道后未更新的统计渠道
4030	ND2文件读取器问题：具有多个XY位置的timelapse未正确打开
2740.	无法读取imagej tiff