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Imaris 8.4发布说明

欢迎阅读Imaris 8.4发布说明。请您看一下Imaris发布说明概述有关以前发布的特性和已修复bug的信息。

版本日期:2016年11月10日

Imaris 8.4的主要功能是对大图像进行手动灯丝跟踪。在此版本中,Autopath和Autodepth跟踪都得到了显著改进,以支持在大图像中跟踪灯丝。下面是Imaris 8.4发行版的所有新特性的列表。

ImarisFileConverter

ImarisFileConverter具有大数据能力。它可以轻松地将tb大小的文件从几乎任何显微镜格式或tiff-series格式转换为高性能IMS格式,从而允许tb大小的图像立即交互式可视化。

在8.4版本中,我们通过更好的进度更新和更具交互性的用户界面使ImarisFileConverter响应更快。以下是新用户界面的截图。

用户界面的顶表是输入区域,它允许用户设置要转换的文件列表,并在开始实际转换过程之前配置每个文件的设置。当按下“Start All”键开始转换时,文件会移动到显示正在运行的转换进度的底部表。

ImarisFileConverter8.4新增:

长丝拉伸自动路径

Autopath长丝拉伸具有大数据能力。

注意:注意不要剪掉你正在拉丝的部分,因为这样会破坏拉丝。

注意:(不幸的是)没有可视化的自路径计算进度指示。找出答案的唯一方法是间接地将鼠标指针移动到图像中的不同位置。对于那些计算已经到达的位置,将显示追踪。对于那些计算还没有到达的位置,没有显示追踪。还要注意:由于跟踪一小块然后从那里继续跟踪非常容易,因此用户可以不中断地工作。

长丝拉伸自动进深

自动深丝拉伸具有大数据能力。

注意:因为自动抓拍,所以光标的大小要大致匹配你所绘制的灯丝的直径。

快照

主工具栏中的快照按钮立即生成当前视图的快照。默认情况下,快照被保存到源图像目录中的一个文件中,创建快照后,在默认的图像查看器中打开快照,向用户显示快照的样子。默认情况下,快照也会复制到操作系统剪贴板,以便在其他应用程序中使用。bob综合app官网登录用户可以通过更改快照首选项来修改快照按钮的行为:

当缩放值设置为1时,快照按钮创建一个具有渲染区域大小的快照。要创建高分辨率的快照,用户可以将“Scale”首选项更改为大于1的值。如果Scale值被设置为2,结果快照将有2倍屏幕渲染区域的宽度和2倍屏幕渲染区域的高度。

为了帮助用户看到屏幕渲染区域的大小,当大小发生变化时,Imaris会在渲染区域的左上角显示这个大小。

此外,视图菜单现在有“保存窗口状态”和“加载窗口状态”的可能性,这是基于每个查看器的功能,并保存和加载所有窗口的大小和可见性。

注意:快照总是与当前视图的渲染区域具有相同的宽高比。在Imaris的以前版本中,可以创建与当前视图不同的长宽比快照。

新的导航控件在超越3d视图

对于那些喜欢Imaris旧行为的用户,可以在Preferences Display部分更改回旧行为。

注意:3d视图相机工具栏中的“设置中心”功能会受到这个新行为的影响。虽然设置中心将相机重新定位到与以前版本相同的位置,但围绕相机旋转的焦点会随着相机的变焦而改变(为了允许通过数据集进行变焦)。

图形内存自动检测

当第一次使用Imaris时,Display::TextureCacheLimit的首选项将从图形板的可用内存中自动确定。

显示调整改进自动功能

改进了显示调整的自动设置。

现在的计算工作如下:最小值设置为直方图的第一模式(最大值)。最大值设置为直方图的99.8%左右,有效地忽略高强度异常值。

位置和大小

缩放条的位置和大小可以在首选项中调整:

旧的缩放清晰度

在任何视图中,100%将一个体素映射到一个屏幕像素。

平行点统计计算

在Imaris8.4中,点位统计的计算是多线程和块式的。

重命名单元格编辑选项卡中的某些函数

在细胞编辑选项卡上,功能“合并”被重命名为“融合”,“分裂”被重命名为“片段”。

可以改变Vantage 1D Plot的颜色

增加了一个色轮图标,允许改变每个Vantage 1D对象的颜色。

统计数据“跟踪强度中位数”定义更改

为了提高统计计算性能,“跟踪强度中位数”统计的定义如下:

轨迹强度中值=轨迹上所有物体在所有时间点的所有强度中值的平均值

在以前的Imaris版本中,轨迹强度中值计算了轨迹内所有对象在所有时间点上的所有体素强度的中值。这个操作需要访问图像强度。有了新的定义,就可以从已经计算出的每个对象的强度中位数体素统计数据中计算出跟踪强度中位数统计数据。

精确距离变换

距离变换计算是使用Meijster, Roerdink, Hesselink的方法计算的精确距离变换:数学形态学及其在图像和信号处理中的应用,《计算成像与视觉》系列第331-340页第18卷“线性时间内计算距离变换的一般算法”。bob综合app官网登录

在整个Imaris8.4中,精确的距离变换用于进行距离变换计算的地方。这导致了统计值的差异,如“囊泡到细胞膜的距离”。此外,由于距离变换的变化,一些细胞、表面、斑点和灯丝检测的结果也可能不同。

当通过ImarisXT运行距离转换时,还会应用精确的距离转换。

新纤维脊柱统计数据

灯丝有3个新的统计值:

更容易访问灯丝编辑选项卡上的一些功能

在以前的灯丝编辑标签中,有三个功能需要光源通道选择:居中、直径和连接。此外,函数直径还需要另外三个输入参数:小直径、大直径和阈值。我们简化了对话框,以避免弹出窗口,并将其直接集成到编辑选项卡中。

新的参考系操纵器

参考帧现在也可以使用可见操纵器定位:

此外,如截图所示,参考帧轴在3D场景中有标签。

支持的操作系统

Mac OS X 10.9及更高版本支持Imaris8.4。Imaris8.4支持Windows 7 x64及更高版本

固定的错误

修复了99个bug (Imaris 8.3之后)
9716 使用质量过滤器在膜检测时,没有检测到细胞将导致崩溃
9694 编辑带有循环的灯丝会导致保存/导出失败
9683 重建脊柱激活ROI
9651 不正确的打开> 2gb融合CZI平铺图像
9648 崩溃在灯丝连接…
9645 内存限制接受负值
9631 在所有数据集上,用于纤维丝的批处理都失败
9628 改变阈值时,区域生长切片机位置复位
9621 在为手动集合选择对象时,竞技场中的名称被截断
9625 参考手册缺少速度角统计的描述/图表
9608 禁用插值没有效果
9602 批处理所有文件的一组文件失败
9586 当打开设置选项卡并单击进入呈现区域时,单元格向导崩溃
9578 在mac上打开连续的lsm文件将使Imaris崩溃
9559 撤销对提取通道不起作用
9558 建造Vantage Plot使用大量RAM,并且几乎永远都需要
9555 不能在OS-X上连续运行x张力
9551 当批处理许可证不存在时,在文件菜单中仍然启用批处理队列,但按下它没有效果
9526 Imaris在自由旋转数据集时崩溃
9525 动画TIFF导出跳转到最后关键帧的第一个时间帧
9524 长丝统计加倍
9518 Imaris在打开colc数据集时崩溃,并且许可证不可用
9509 点击气缸轨道样式会使Imaris崩溃
9505 跟踪单元的目标在存储和加载后改变
9502 当同一帧上的新圆开始时,等高线绘制模式“时间”停止
9495 3D裁剪窗口中的距离值应该更接近相应的像素值
9489 参考框架被列为产品参考框架而不是Imaris MeasurementPro
9483 提取通道添加尺寸不合适的通道
9481 关闭Arena和关闭Imaris时未保存的数据
9470 在重复选择后,过滤器对话框丢失过滤器
9464 如果用户移动/复制文件到一个新的组,竞技场中添加的标签将丢失/删除
9458 在Vantage中,当只显示标记对象时,对象的可视化在对象渲染和中心点之间是不同的
9457 按文件名而不是按完成时间排序批处理结果
9456 参考手册中缺少创建向导的细胞膜阈值条目
9453 在“创建向导”和“常规筛选器集”中,“使用多个筛选器”都被破坏了。(影响表面、细胞、斑点、细丝)
9443 为文件导出和打开默认对话框提供更合理的位置
9438 在8.3版本中,在构建colc通道时,没有生成统计信息
9437 阴影体积单元格的透明度太有限
9431 管理员应该有自己的窗口
9428 编程接口的帮助-断开链接
9421 添加多个Spot/Cell对象会禁用Filter对话框
9407 当我试图删除丝状物中的16段时,Imaris崩溃
9387 重新采样图像以对齐参考帧按钮应该在单个时间点图像不可访问
9383 在使用参考系时,Imaris没有提供哪个轴是哪个轴的指示
9378 Imaris使用“合并”和“分割”在spot / surface中执行两种与cell截然不同的操作
9351 在“创建”选项卡和“设置”选项卡之间切换,会显示更多的种子点
9317 在手动灯丝和自动路径或自动深度之间切换无法记住位置
9316 纤维分类脊柱统计-平均统计只显示短柄脊柱
9306 注释中的搜索工具会使Imaris崩溃
9304 为与图像文件关联的文件添加图像文件夹抛出警告
9243 通过Fiji/File/Open打开的数据集将保留以前打开文件的文件名
9242 手动自动路径不能一次性追踪灯丝,而向导自动路径可以
9181 如果Imaris无法到达浮动的许可证服务器,你就会卡在启动画面中
9168 从原始ND2文件中删除1个或多个时间点后,卷显示为空白。
9130 帧数与OS-X的时间栏上的时间值重叠
9109 编辑细丝会删除所有标签
9101 如果裁剪时间序列,则会“丢失”音量统计信息
9095 在轨道编辑器中的“对象”选择模式下,点击渲染区中的轨道将不会突出显示任何内容
9093 不能导出细胞对象(没有囊泡或核)以进行绘图
9074 更新“屏幕外渲染”的文本
9064 数百万点的数据集导致“编辑轨迹”和“统计数据”崩溃
9058 在编辑沿袭轨迹后重建表面花费太长时间
9053 编辑沿袭跟踪,然后在统计计算期间进入颜色选项卡摊位
8973 轨迹编辑器的底部滚动条行为不同于右侧滚动条行为
8943 BatchAgent不会从失败的批处理运行中清理临时文件
8647 在重建过程中,灯丝应显示为线
8644 在7.6.5中创建的超越对象的名称不会显示在Arena中
8600 在CZI文件中,灯丝筒尺寸默认设置为1000um
8498 轮廓时间绘制频率未设置
8310 在批量运行时,默认的灯丝渲染样式是直线,而在向导中是圆柱体
8189 OME验证脚本在导出OME时会产生错误
8089 当没有数据集加载时,Coloc不稳定
8088 在未加载数据集时导出注释会导致Imaris崩溃
8020 你不能把比例条放在画廊的下半部分
8016 分类脊柱x张力不工作的所有数据集与最新的Matlab版本
7979 添加没有卷数据的手动斑点/灯丝会导致崩溃
7925 重建灯丝会导致统计数据中的额外条目为零
7895 从超越模式激活快照时,会出现Coloc面板
7781 有些ome-tiff文件无法正确读入
7774 当后台加载处于活动状态时,XT可以访问无效数据
7747 Olympus Tiff保存的VS-ASW 2.5 (Build 9483)错误的XYZ校准导入
7536 统计点的计算比7.6.5慢
7467 灯丝重建所有不产生相同的结果像一个新的构建
7301 在统计选项卡的“选择-平均值”中显示错误/误导性的计数
7108 如果count=1,脊柱计数在Imaris统计和Matlab Plot之间变化
6904 快照输出与覆盖的预览不匹配(例如缩放条单元)
6636 增加工作流程,自动检测手工跟踪丝刺
5969 无法正确读取新OME文件(读取器和写入器过时)
4149 缩放条/颜色条标签不随快照大小缩放
3525 当“显示刺”关闭时,部分刺仍然可见
3462 表面或灯丝向导启动后,负载上不显示音量
3263 改进重复过滤对象的行为
2417 图库模式的快照没有正确成像预览
实现的12个特性请求
1973 选项,设置默认快照路径的行为
4016 Imaris应该支持将外部对象保存为.WRL文件类型
4352 自动深度光标放置应该注意剪切平面
6397 在Section快照视图中不应该有十字准星
6564 快照小部件忘记先前设置的文件名
7675 Imaris无法打开融合瓷砖CZI图像文件(Imaris无法正确打开融合瓷砖)
8601 把旧有的Zoom值行为带回来
8803 无法加载客户提供的(新)OME-XML文件
9362 客户只想在3D视图中显示“m:ss”时间
9364 未添加到Excel导出的统计值的名称
9620 不能更改1D优势图的颜色
9633 安装后,“Imaris Administrator”的默认选项卡应该是“License”

伊万里瓷器8.4.1

修复了14个bug(自Imaris 8.4.0起)
7249 神器显示蔡司3D+时间LSM文件
7420 在Imaris中打开的CZI文件无法正确读取所定义的通道颜色
9763 CZI文件有4个通道没有打开,配色方案正确
9774 在第一个文件之后,Imaris不读取由此命名的CZI SNAP文件
7711 当打开LSM文件转换为CZI时,错误的调色板
9778 灯丝数统计错误!
9802 阈值图编译在较大数据集上的崩溃
9691 动画在OS-X上只包含几帧在quicktime中查看
9811 Imaris无法打开。lsm文件
9806 现象描述在Imaris 8.4中无法打开LSM文件
9755 在删除由时间绘制模式生成的手动表面时崩溃
9794 在8.3.1中正确读取的蔡司.lsm文件在8.4.0中无法正确加载
9772 火炬视图不适用于2D图像
9818 等高线加载损坏

伊万里瓷器8.4.2

修正了1个错误(自Imaris 8.4.1起)
10005 resource_type='bpFileDependenciesItem'只能被写入postgres 1000次,此时Store将变得无效