Imaris 9发布说明

欢迎来到Imaris 9.0发布说明。请您看一下Imaris发布笔记的概述有关以前发布的特性和已修复的bug的信息。

版本日期:2017年7月18日

能够“大规模模型渲染”的表面

Imaris9可以交互渲染100GB或更大尺寸的表面。正如Imaris已经证明的体绘制技术一样，这种新的表面绘制技术是基于多分辨率八叉树的。下面的渲染显示了一个带有不同分辨率的块的表面。

有了这项技术，Imaris9可以交互渲染由数十亿个三角形组成的巨大表面。

能够快速绘制大型表面的技术基于以下特征

• 三维块布局的多分辨率曲面
• 渲染器加载最佳的表面分辨率级别，以匹配屏幕分辨率
• 数据缓存在VRAM和RAM
• 多线程的渲染，解压缩和加载

表面快速计算

为了有效地从大图像中计算表面，Imaris9运行块和多线程的表面计算。计算有效地利用了系统资源。100GB图像的表面计算仍然需要数小时才能完成，但a)这是可能的，b)计算速度比之前的imaris版本更快，尽管Imaris9的表面需要在许多分辨率水平上计算，以促进快速渲染。

表面性能

性能测试表明，Imaris9计算表面的速度几乎比Imaris8.4.1快一个数量级。

表面渲染选项“Slicer”

在Imaris9中，表面可以在切片机(正位或斜位)上渲染。这是一个有价值的工具来比较分割到原始数据。

在切片视图中自动渲染2D图像的表面

Imaris9是第一个Imaris版本，可以将2D表面渲染为2D。(早期版本的Imaris从2D图像中计算出3D表面。)

混合模式传递函数

在Imaris9中，混合渲染的传递函数是在用户界面的音量组件的设置选项卡上调整的。传递函数通过将强度映射到不透明度来决定体素的不透明度(透明度)。传递函数以图形的形式显示在通道强度的直方图上。垂直轴表示不透明度值。图表顶部的值是完全不透明的。底部的值是完全透明的。

可以通过拖动传递函数编辑器中的控制点或通过数字输入字段更改传递函数，以便在不同文件之间进行比较时进行更精确的定位。单击某一行可使传递函数左右移动。

改变显示调整改变颜色

改变传递函数会改变渲染的内容

“Transfer Function”存储在IMS中

传输功能设置与显示“min/max”分开保存在IMS文件中。

混合模式自动设置改进

Imaris9有一个改进的自动调整功能，可以在混合模式下的音量设置选项卡上使用。这些改进是双重的。新功能更快，效果更好。

正常遮阳模式自动显示调整改进

Imaris9有一个自动调整功能，可以在普通阴影模式下的音量设置选项卡上使用。

Ctrl+右击显示调整中的颜色栏执行“自动”在一个通道

因为“自动调整所有通道”按钮调整所有通道，有时使用这个快捷键只自动调整单个通道是有用的。

快速保存更改到显示调整

当用户打开图像并更改显示调整，然后决定保存这些更改时，旧版本的Imaris花了相当长的时间来保存更改。在Imaris9中，这只是几秒钟的问题。

柱状图放大

直方图的顶部有一个缩放条。鼠标滚轮允许放大和缩小。按住右键在缩放条上允许平移。双击右键重置缩放。

血统树图形导出

谱系树既可以作为SVG矢量图形导出，也可以作为高分辨率的tif图像导出，以便于在其他软件中导入，以准备出版质量的图形。

快照到预定义大小

用户可以在快照首选项中指定快照输出宽度和高度。

为了获得良好的预览，他/她可以从快照下拉菜单中选择，以“固定大小”渲染窗口，然后在视口获得与快照的宽度/高度相同的长宽比，这样他/她可以轻松预览结果(在屏幕分辨率)

H264视频编解码器

Imaris9视频保存为MP4将使用H264压缩编解码器保存。也可以将它们保存为Raw或tiff系列(为了简化UI，删除了所有其他选项)。

自动设置/喜好迁移

系统首选项在安装Imaris时自动迁移。用户偏好在Imaris第一次启动时自动迁移。

新文件的读者

• Aperio sv
• 滨松NDPI

文件阅读器插件功能

Imaris9在filereader插件目录中搜索具有filereader API的dll。当这样一个DLL被发现时，它将作为一个文件阅读器添加到Imaris。

API既支持只读取(包含)一个解析级别的阅读器，也支持允许读取多个解析级别的阅读器。在后一种情况下，Imaris可以在本地模式下通过阅读器插件渲染打开的文件(在渲染前不读取整个文件)。

固定的错误

9.0修复的bug
5038	改变信道选择后，Coloc ROI直方图不更新
5318	掩码生成带有水平条纹的损坏通道
7147	小于6fps的.mov和.mp4电影类型的问题
7652	没有从CZI文件中读取波长
8658	在巨大的XY图像上表面渲染失败
8703	在更大的时间序列中连续拍摄几张快照后崩溃
9066	site.cfg文件损坏
9354	通过“添加时间点”添加多个LIF文件会得到错误的时间戳
9411	在中等大小的数据集中删除片会导致崩溃
9439	漂移校正对话框的帮助无效
9501	删除带有轮廓的表面时崩溃
9663	当使用比例因子时，不保持比例栏字体的相对大小
9678	点的“体素计数”统计是零的一些点
9749	难以确定在Administrator中选择了哪个许可证
9762	在添加了一些手动灯丝后，试图从Arena打开第二个数据集时崩溃
9771	在一些创建向导中使用上下文帮助会因为不存在路径而失败
9788	Imaris无法从FV3000 Confocal中读取。oir文件的时间点
9794	8.3.1中正确读取的Zeiss .lsm文件在8.4.0中无法正确加载
9797	“最大重叠”跟踪算法缺失的描述
9798	显示帮助链接“跟踪细胞”步骤中断
9800	参考手册说明天堂算法支持合并
9815	最小的Y窗口大小太大
9816	在场景中移动带有颜色编码的对象的参考帧会导致在每次鼠标移动到渲染区域时重新计算统计数据
9819	由半自动AutoPath生成的异常(直线)路径
9820	图片来自斐济，在Imaris 8.4中禁用“另存为…
9830	特定文件中通道强度的显示不正确
9846	czi文件中的时间间隔错误
9851	在包含2140万个三角形的特定2D数据集上，表面创建失败
9852	3D视图参考帧设置的上下文敏感帮助链接没有解释这个选项卡
9853	注解没有放在光标位置
9855	需要在HELP菜单下的“键盘和鼠标”选项中记录新的灯丝键盘快捷键
9856	当完成创建向导时崩溃，如果多个ROI中只有一个被选中
9865	当最近的文件列表中的网络驱动器不可用时，启动时崩溃
9870	大型批处理Collection的“导出统计数据”选项需要很长时间才能导出。
9873	距离变换通道的显示在超越等方式上存在不足
9887	XT纤维丝脊柱分类有畅通无阻的错误消息时，从。m文件启动
9895	导出带有手动创建轨道的文件会导致统计数据需要重新计算几个小时
9896	平铺的LSM文件被读取扭曲
9899	在Imaris 8.3和8.4中，打开多系列TIFF文件读取不正确
9904	Imaris XT描述跟踪表面在线Matlab接口API是不正确的
9912	Imaris 8.4的卸载。从注册表中删除IsServerInstalled
9923	单元格跟踪参考页太大
9930	在Imaris 8.4中手动灯丝跟踪器中的滑块没有链接到光标
9931	Imaris崩溃时，点击“文件名与分隔符”在TIFF阅读器设置
9933	FilamentTracer撤销将细丝从所有时间点移动到第一个时间点
9945	表面距离变换后的条纹伪影
9949	当使用Store时，某些Volume设置没有保存
9952	参考手册中关于灯丝自动路径的正确快捷方式描述
9958	时间条显示的舍入问题
9974	大3D体积延时闪烁亮度
9984	时间图(导出)的时间错误，但导出所有数据或Vantage的时间正确
9986	Imaris无法读取从FV3000生成的Olympus .oir文件的z体素大小
10001	批量单元格数据在导出到IMS时丢失
10002	ND2时间间隔作为一个单独的时间点打开
10020	显示帮助在竞技场商店对话框中不起作用
10022	前言中的Arena图像颜色分辨率较差
10032	撤销，重做，再撤销都不起作用了
10034	细丝-编辑标签-直径字段说明手册模糊
10038	导入的数据集没有得到正确的显示调整最小/最大设置
10040	当重新加载更改了LUT的IMS时，映射的颜色不会保存在关键帧动画中
10048	参考手册中没有提到的WRL支持
10061	图像在竞技场加载导致“没有找到挂载点”错误消息
10071	航速最小值和航速最大值与航速平均值不一致
10075	在8.4中，重新采样图像以对齐参考帧不做旋转漂移
10126	特定文件不能使用1D Vantage图
10129	切换时间点时，Coloc直方图没有更新
10162	更改Coloc ROI阈值可能导致崩溃
10192	更新音量中值强度统计参考手册
10200	当体素大小大于1时，帧框阴影闪烁
10208	Mac Arena无法访问需要域凭证的服务器上的文件

伊万里瓷器9.0.1

修复了14个bug(从Imaris 9.0.0开始)
10245	动画“帧”文本框在输入单个字符后失去焦点
10251	缺少一些surface XT Interface方法的文档
10262	关键帧动画中的显示调整没有正确插入
10269	表面预览时，时间条上的大跳跃会导致预览面板消失
10271	表面和细丝统计文件需要更新和修复
10286	缓慢的体积渲染在Imaris 9.0.0
10291	Python XTension XTSurfacesSplit没有更新缺少的曲面函数
10293	在9.0中，Surface模型在检测期间的内存使用量明显高于以前的版本
10298	在新表面中关闭平滑会产生大量的缓存文件
10302	Imaris9中的保存数据不记得上次保存的文件夹位置，每次都会更改一个
10312	导出的Imaris 9表面创建参数重新导入不正确的(灰色)图标
10322	蜻蜓许可证(大概还有Imaris核心许可证)的斑点和/或表面的编辑/绘制/颜色选项卡是灰色的
10327	一些。tif图像无法正确读取Imaris 9
10328	切割面20-30次切割导致刀具持续不稳定，导致Imaris9碰撞