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Imaris 9.1发布说明

欢迎访问Imaris 9.1发布说明。请您看一下Imaris发布笔记的概述有关以前发布的特性和已修复的bug的信息。

版本日期:2017年12月19日

伊万里瓷器缝合机

Imaris Stitcher是一个新的独立应用程序,可以将多个视野重叠的图像“缝合”成一个大视野的大图像。

Imaris Stitcher首先使用显微镜储存的舞台坐标对图像进行定位。如果舞台坐标是可用的,并且在Imaris Stitcher中第一次显示多个图像时,每个图像的位置几乎都很好。Imaris Stitcher中的“对齐”按钮可以精确地调整位置和对齐重叠的图像,使其内容匹配良好。下面是一个典型的例子:

如果你有一个文件,其中的舞台坐标ImarisStitcher不可用,你可以使用网格布局工具在网格上定位图像,或者手动移动图像,使其接近于与所有其他图像相关的位置。完成这一操作后,“对齐”按钮将负责找到精确的位置。

Imaris Stitcher需要IMS文件作为输入。Imaris File Converter是一个生成IMS文件的工具。在这个版本中,Imaris文件转换器的功能得到了改进,可以为ImarisStitcher生成输入。请参阅“文件系列与分割”和“文件系列分隔符可配置”。

Imaris 9.1多图像功能

在这个版本的Imaris可以覆盖两个不同的范围和体素大小的图像。可以对图像进行相对的平移和旋转,以方便对齐。例如,可以用相同样品的电子显微镜图像覆盖荧光显微镜图像。

当加载多个图像时,Imaris的大多数功能都可以用于每个图像。一些例外情况适用:体积渲染只允许在多图像场景中的MIP渲染。colc模块、Easy3D查看器和Gallery查看器不能用于多个图像。另一方面,从任意一幅图像中都可以计算出斑点或其他物体。而Imaris 9.1甚至会计算其他图像的统计数据,当物体与另一张图像重叠时。

帧对象允许图像定位

在Imaris 9.1中,3D视图中的帧对象允许定位图像。在多图像的情况下,会出现多个帧对象,每个帧对象可以与加载的图像中的一个相关联。当帧对象的位置选项卡被选中时,一个小的“三脚架”出现在3D场景中。当三脚架移动或旋转时,点击中心或轴,并操纵其位置的图像跟随。这允许在多图像设置中一个图像相对于另一个图像的有效粗定位。为了进行精确定位,可以使用框架对象的位置标签上的按钮进行小的更改。

改进的参考帧操作

参考框架对象在Imaris是非常有用的,以创建相对于特定位置或图像方向的测量。为了便于定位的参考框架,它有一个小“三脚架”,人们可以用鼠标点击,然后重新定位。在这个版本的Imaris中,鼠标与“三脚架”的交互处理得到了显著的改进,使参考系的定位比以前更简单。此外,三脚架的大小现在耦合到屏幕,而不是图像体素大小。这使得非常精确的定位在高变焦水平。

“分割”文件系列

文件系列设置允许选择“分割”,以便将一个系列分割成多个IMS文件。这允许轻松地将由多个视图字段组成的系列转换为多个IMS文件。如果视场重叠,这些文件可以很容易地在ImarisStitcher9.1中打开,并缝合成一个大的视场。

文件系列分隔符可配置

可配置的文件系列阅读器自动将系列文件名的部分解释为分隔符,以指示X、Y、Z、C、T或F维度的不同索引。这些分隔符可以在ImarisFileConverter或Imaris的Preferences(在Loading选项卡)中配置,如下所示:

文件的读者

ImarisXT接口

固定的错误

9.1修复了53个bug
5504 图像过程——>通道移位2D失败
7152 如果体素尺寸较小,轮廓工具无法创建曲面
7428 统一表面撞击Imaris
7535 带有许多物体的表面组件的透明度生成缓慢
7590 图像处理后没有更新强度统计
7598 IQ TIFF文件分割成通道未正确读取
7598 IQ TIFF文件分割成通道未正确读取
7812 重建不会在新数据集上生成表面或统计信息
8493 旋转3D视图时变焦的极端变化
8805 动画在回放过程中“跳跃”
9108 动画关键帧应该在加载新数据集时清除
9117 Imaris无法正确读取奥林巴斯vsi数据集信道信息
9124 导出数据为“开放显微镜环境tiff”,来自不同维度的信息不会被完全分割
9321 竞技场不显示存储文件的缩略图,化验文件夹视图为空
9500 “导入表面到单元格”对象被ROI边缘偏移
9522 自定义统计“ID”的颜色编码崩溃
9695 多图像VSI文件读取不正确
9810 Mac OSX 10.12.1的顶部菜单栏消失且无法恢复
9918 在多图像CZI上运行批处理无法显示3D对象和统计数据
9942 灯丝手动跟踪解决方案(连接和断开从8.2起失效)
10029 体积渲染8.4.1比8.3.1更亮
10073 Imaris无法读取VSI文件
10161 细胞外的x张囊泡报告到细胞的距离为整数值
10178 调色板“删除选中”导致Imaris挂起
10180 在Easy 3D中初始渲染可以是空白的
10209 轮廓面掩模在首次绘制轮廓后开始切片
10213 按下快照按钮时,时间条会移动
10256 切片器视图变灰
10263 Imaris在将Cell导出到surface时崩溃
10264 跟踪小点崩溃时,播放来回
10276 如果使用“添加组件到当前场景”选项,新的。ims场景文件不能正确导入表面或单元格
10281 当你试图保存细胞跟踪和裁剪时间崩溃
10309 当使用“后退”按钮时,在表面向导中启用子卷会使Imaris崩溃
10339 Imaris退出而开始时,没有许可证启用
10348 bpManualBuilder的警告在报告电子邮件中不可见
10353 如果最小值和最大值相同,普通着色渲染不会更新
10354 一些细胞强度相关的统计数据将在第6个显著数字上有所不同
10355 XT衰减正确,有时会造成碰撞
10367 Tiles CZI文件仅部分加载
10391 在混合渲染时加载另一张图片导致Imaris崩溃
10412 来自Thorlab的口角撞到了Imaris
10414 检查9.0.1到9.0.2的更新窗口没有显示发布说明
10416 PC上的FileConverter不允许使用Unicode字符
10419 在HKEY_CLASSES_ROOT下的Imaris Open命令卸载后会失去其值
10424 一些zvi文件没有正确读取
10425 自动调整所有频道时,没有数据集将崩溃Imaris
10432 Imaris挂起试图计算在XT中创建的频道的统计数据
10433 为时间序列删除断开的段崩溃
10440 Imaris误读了一些.czi文件的时间间隔
10442 使用XT添加灯丝太慢
10482 Imaris崩溃按Ctrl+C没有加载数据集
10545 创建彩色编码区域通道被破坏
10546 删除所有切片会导致Imaris崩溃
10549 只能识别一个CZI文件的图像

伊万里瓷器9.1.1

修复了Imaris 9.1.0以来的8个bug
10259 添加参考帧为表面添加了基于参考帧的强度统计
10587 一些OME tiff文件的ImplExtend显示值为-0
10615 参考帧统计错误(忽略旋转)
10664 CZI瓷砖开放在缝合完全离开舞台坐标
10666 参考帧播放模式打断相机,什么都看不到
10669 参考框架>飞机设置为可见结果在Imaris坠毁
10681 与9.0.2相比,Imaris 9.1打开LIF文件非常慢
10696 这些Andor多tiff(系列)文件的通道颜色读取错误

伊万里瓷器9.1.2

修复了1个Bug(从9.1.1开始)
10715 Imaris 9.1.1在缩放或平移任何数据集时挂起