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Imaris 9.3发布说明

欢迎来到Imaris 9.3发布说明。请您看一下Imaris发布笔记的概述有关以前发布的特性和已修复的bug的信息。

版本日期:2019年4月9日

迁移到Imaris 9.3竞技场

如果您在Imaris9.2或更早版本中使用过Arena,那么您将希望将数据迁移到新的Imaris9.3 Arena。ImarisArenaMigrator将指导您完成迁移。在迁移过程中,工具将图像从以前的Arena位置复制到新的位置,并且工具不会从它们以前的位置删除任何图像。

新竞技场:显微镜下的文件浏览器

Imaris9.3有一个新的Arena图像文件浏览器,可以显示文件系统上显微镜图像的缩略图。无论图像是存储在多文件tiff系列还是多图像czi文件中,Arena都是一个文件浏览器,可以“理解”显微镜图像,并为每个图像显示一个缩略图。Arena允许您轻松浏览本地或远程文件系统上的大量图像。需要注意的是,这个新版本的Arena是一个文件系统浏览器,它会自动显示文件系统文件夹的内容,当文件系统文件夹发生更改时,Arena会相应地显示内容。同样,当文件复制到Arena中的文件夹时,文件也复制到文件系统中相应的文件夹。

在Arena中转换为IMS格式

除了文件浏览,Arena还可以将原始显微镜格式的图像转换为Imaris的原生IMS格式。双击尚未采用IMS格式的图像缩略图时,Arena将建议开始将该图像转换为IMS。转换进度显示在Arena窗口右下角的FileConversionQueue中。

一旦图像以IMS格式可用,就可以在Imaris中打开它进行可视化和处理。由于IMS文件格式是多分辨率的,因此这种打开速度非常快,即使对于大型图像也是如此。

带有图像处理和管道的批量设置向导

Arena视图的另一个主要用途是批处理(可通过适当的许可证使用)。通过从主工具栏启动“新建批处理”向导,您可以轻松地设置文件夹内图像的批处理。该向导指导您完成批处理设置,它允许创建批处理管道,由多个图像处理步骤组成,随后检测斑点、表面、细胞或细丝。有了这个特性,例如,可以先反转一个通道,然后计算该反转通道上的点。

批处理结果:都在文件中

批处理的输出总是一个“完整的”IMS文件。当批处理运行修改映像数据时,结果存储在一个新的IMS文件中。当批处理运行“仅”产生点、表面、单元格或细丝时,结果将添加到现有IMS文件(除非是原始文件,在这种情况下将创建一个副本并将对象添加到副本中)。

当运行批处理创建新文件时,旧版本作为“恢复点”保留在文件系统上。所有的恢复点都可以在每个图像的“恢复点”选项卡中看到。在这个选项卡中可以“撤消处理”。

使用预览的图像处理

Imaris 9.3有一个新的图像处理对话框与原始和处理的并排视图。side-by-side视图显示原始图像和处理后的图像数据,它们来自沿z轴的俯视图和沿图像的x轴或y轴的侧视图。它可以在“Volume”或“Slice”视图中使用,以显示图像数据的体积渲染或切片渲染,以进行更详细的检查。

使用预览的图像处理对话框提供了所有那些不改变图像维数的“图像处理”方法,如高斯滤波、阈值和背景减法。那些改变图像维度的方法,如“Swap Time and Z”,仍然位于图像处理菜单中。

反褶积和批量反褶积

Imaris9.3的新功能是反褶积。如果你有反卷积许可,它会出现在图像处理对话框中的图像处理命令列表中。Imaris的反卷积可以在GPU上运行,提供最佳性能。要查看你的系统是否支持gpu反卷积,请打开Imaris Preferences,并检查“system”选项卡上的信息。

反褶积也可用于批处理。它可以在批处理设置向导中单独运行,也可以与其他可用的批处理命令组合运行。

竞技场存储和备份:都在文件夹中

Arena的设计原则是,与文件夹相关的所有信息都存储在文件夹中。这有一些非常方便的结果:
a)在工作于同一网络文件夹的不同计算机上运行Arena,自动共享所有信息、图像、子文件夹、批处理结果、批处理参数。
b)一旦为某个文件夹创建了缩略图缓存,所有访问该文件夹的计算机都可以使用它。
c)要创建Arena文件夹的备份,您所要做的就是创建相应文件系统的备份。

Arena在每个目录中创建一个名为.imaris_cache的隐藏文件夹,并在其中存储父文件夹中所有图像的缩略图和元数据缓存。当Arena显示目录内容时,此缓存有助于快速加载缩略图和元数据。在第一次创建缓存时,Arena将单独的jpg文件和元数据文件放入.imaris_cache目录中。一旦构建了这些单独的缓存文件,Arena将通过将许多缩略图和许多元数据组合到更少的文件中以更快地加载来创建更快的缓存

固定的错误

修正了Imaris 9.3的bug
6115 重置Imaris会在“计算”页面设置错误的处理器数量
7207 导出Coloc统计信息时不记得最后一条路径
7217 IQ Tiff最小最大对比度设置未读取
7320 3D+T灯丝的“中心”不能正常工作
7674 经过距离变换后,数据集体积在缩放时消失
8623 批处理在某个点停止,不会完成大批处理作业
8876 导入Imod场景导致Imaris崩溃
9931 Imaris崩溃时,点击“文件名与分隔符”在TIFF阅读器设置
10262 关键帧动画中的显示调整没有正确插入
10397 带有统计数据的彩色编码跟踪对单元格不起作用
10478 在“切割表面”和“统一”之后,“分裂”不起作用
10504 选择一个或多个灯丝点,将不允许你调整直径在编辑选项卡
10506 在灯丝中使用路径不选择端子端子
10519 CZI FileReader不能正确处理多文件数据集
10538 Imaris 9.0从Prairie View的OME tiff文件中错误读取Z-step大小(版本5.3)
10591 某些oif文件的阶段位置读取不正确
10644 CZI平铺图像加载在9.02和9.1中失败
10712 时间流逝细胞囊泡名称统计错误
10716 VSI Z体素大小等于XY体素大小
10722 Imaris没有正确加载该VSI映像的元数据和数据类型
10747 即使未选中许可证,Coloc按钮也是可用的
10764 CZI文件打开问题
10765 CZI文件导入在数据集中创建垂直线
10789 曲面的顶点数统计数据不显示
10804 细胞创建选项卡-重建-追踪细胞核和囊泡重启向导
10808 oif文件LUT表读取错误
10814 最初的ROI处理太大
10818 千分尺字符在文件名块导入CZI
10819 文件名中的特殊字符会产生更多的奇怪字符
10830 当未选中插值时,图像窗口仍然显示插值视图
10845 从Z1导入的CZI与错误的体素大小
10846 创建向导的编辑表面步骤是非功能性的
10892 Imaris 9漂移校正“正确体积和所有物体”的表面失败
10906 如果轨迹在指针下,则无法选择点
10920 从CZI只读取100个tile
10942 CZI文件打开,部分部分移位
10950 2D Volume在旋转时消失
10969 细胞到表面到屏蔽到丝状体阈值崩溃
10976 当回到细胞膜向导步骤4/4时崩溃
11001 新增通道后,测量点消失
11002 CZI文件不能在文件打开对话框或通过拖放打开
11007 xdce '头文件'在用于导入时导致问题甚至崩溃
11010 当添加到Imaris 9.2时,在XT中为斑点设置特定的颜色是不维护的
11015 当原来的表面/斑点对象被手动设置阈值时,滤镜标签内容在“复制选择到新的表面/斑点”后消失
11021 如果选择的对象超过50个,用于绘图的导出数据将变成灰色
11025 大型二维图像上的距离变换伪影
11026 CZI文件在9.2.0无法打开
11030 在Vantage中选择自定义统计数据会导致Imaris崩溃
11047 时间序列物体强度图是错误的
11052 线性拉伸->信道算法崩溃Imaris
11057 导出用ROI检测到的单元格统计数据时崩溃
11058 表面统一删除表面时,多个图像加载和调整了观看帧
11062 测量点“删除”按钮不起作用
11069 对于非时间间隔数据,用于绘图的导出数据应该是灰色的
11070 在表面向导的分类步骤中,按“完成”按钮时,系统崩溃
11071 使用客户数据集的第二步后,斑点向导崩溃
11076 竞技场>添加图像>设置无效
11133 合并后标签会消失
11134 打开每时间点(14个时间点)有2640个丝的Imaris文件加载非常慢
11135 对象标签不能在重复的对象中正常工作
11175 追踪细胞核和囊泡,如果传入的囊泡类型超过一种,就会导致Imaris崩溃
11247 在频道转换中输入一个值会导致Imaris崩溃
11250 当按下“删除”在过滤器选项卡和没有过滤器在列表时崩溃
11257 统计中相同的点的多个相同的条目
11264 在Imaris的跟踪步骤崩溃之前手动添加一个点
11270 测量点的配对信息不再可用
11296 对于阈值环路检测的灯丝,一些统计数据是重复的
11313 手动轨迹创建部分中断阈值丝线的起始点
11332 体积= 0的斑点应该被去除
11347 时间滑块回到动画中的第一帧
11360 细胞瘤膜检测诱导细胞瘤崩溃,但未检出细胞核
11368 12GB的文件表面和轨道需要20多分钟才能打开
11393 2D XTension项目与客户数据集导致Imaris崩溃
11411 在图像参数设置对话框中更改激发波长时不会更新
11457 Imaris无法完成小型表面的制作
11518 压缩灯丝绘制和编辑gui
11530 Imaris批处理设置GUI不读取存储的“批处理存储图像”设置

伊万里瓷器设备上装

修复了18个bug(从Imaris 9.3.0开始)
11018 Show Help on some parts in Stitcher不工作
11441 对于这个CZI文件,Imaris 9.3检测64个单独的图像,而9.2.1加载一个图像
11506 首选项/批处理和首选项/竞技场的手工丢失
11536 反卷积复制功能复制发射波长
11552 在Crash Imaris 9.3.0中,灯丝选择定心和直径
11560 当观察一个包含场景文件的文件夹时,Imaris崩溃
11568 在XT距离转换或通道算法中创建新通道将破坏保存按钮
11574 当从命令行启动不支持的文件时,Imaris崩溃
11575 导出开放显微镜环境XML和TIFF与9.3库不工作
11578 失踪的竞技场文档
11586 表面漂移校正错误
11589 如果“&”字符在文件路径的任何地方,Imaris批量失败
11593 ESC在批量创建向导中不起作用
11596 缝合不重新抽样与加权平均数
11599 Imaris会崩溃,如果你“保存”一个图像添加了coloc频道
11605 ImarisCell批量运行数据导出失败。csv(默认格式)
11652 首选项/竞技场手册需要更新
11666 这两个CZI文件的图像范围被错误地乘以了10^6