Imaris 9.8版本通过允许在切片机上进行对象可视化,改进了对象检测的验证。在具有显著深度切片器的3D图像中,可视化可以提供非常详细的信息。
Imaris9.8还为灯丝模块添加了一个期待已久的功能:soma模型。在图像数据允许成功探测躯体的情况下,该模型提高了可视化和测量。
Imaris 9.8简化了对象的创建,验证和编辑,通过为每个组件(点,表面,细胞,纤维丝)提供一个切片模式,渲染对象的轮廓与原始图像数据在一起。这是一个验证分割结果的强大工具。
所有创建步骤都可以在切片器上进行验证(中间分割步骤、区域阈值、种子点等)。当在创建过程中同时渲染多个元素时(例如点和阈值,或细丝的树突线和阈值),所有的元素都在同一个切片器上渲染(使用相同的扩展切片设置),以给出这些元素之间的相关性视图。
切片器渲染的一个重要特性是它能够渲染“扩展部分”。当启用此功能时,切片器将在指定厚度内将所有体积数据(MIP投影)和对象数据投影到切片上。例如,在创建点的过程中,可以将扩展部分的厚度设置为点的直径,以允许非常有效的视觉验证。
对象也可以在切片器模式下选择和编辑。在圆形选择模式下,光标只选择切片上显示的对象。对象切片器可以在动画中使用。在关键帧之间插入切片机的位置、方向和扩展部分。
在切片机模式下,点在切片机上与原始图像数据一起呈现为圆(或椭圆)。在点手动编辑期间,您可以shift-click到一个现有的点,以删除它或shift-click到切片机,以创建一个新的点。当切片机厚度(延伸部分)大于单个切片时,新的点将自动定位在其最佳“深度”。这可以使定点定位非常有效。你可以设置切片机扩展部分,以覆盖一个有用的厚度(比光斑直径大,但足够小,以不显示太多杂波),并依赖自动深度定位算法,自动定位每个点在其正确的距离,从切片机。
在切片模式下,细丝可以被渲染成线、圆柱体或锥体(类似于3D渲染时的选项)。在用AutoPath绘制细丝时,光标会自动放在切片上。起点和终点自动放置在切片机厚度内的最佳位置(垂直于切片机方向)。在使用AutoDepth绘制长丝时,切片机的位置跟随描摹。
在拉丝过程中,有时线的一部分位于延伸切片机的外部。在这种情况下,延伸截面外的线段将以透明方式渲染:半透明虚线表示线段位于切片器下方,半透明实线表示线段位于切片器上方。延伸截面内的线段将渲染为完全不透明。
当对象被跟踪时,轨迹也会呈现在切片上。
曲面和单元已经过调整,以便在渲染模式、扩展部分和UI选项方面与斑点和细丝切片器保持一致。现在可以仅使用轮廓渲染曲面,从而改进分段验证。
在表面手动编辑(在编辑选项卡中添加/删除)时,光标会自动放在切片上。然而,新的表面(用移动方块或魔棒计算)并不是在切片上精确创建的,而是在切片机厚度内的最佳位置(与切片机正交的方向)。如果一个特定的通道被选择为自动深度放置(编辑标签),只有这个通道将被用来定义最佳位置,否则所有可见的通道将被使用。
当切片器渲染处于启用状态时,Imaris 9.8会自动隐藏体积组件。
如果特定工作流需要同时显示切片器和卷,则可以在“卷设置”选项卡中禁用“自动隐藏”功能。
用于正交切片机、斜切片机和剪切平面的新操纵器为所有切片机带来了相同的简单定位逻辑:
操纵器也可以在切片器内移动,以防止其隐藏感兴趣的区域。这可以通过在操纵器球体上单击鼠标右键并拖动,或者在切片上的某个位置单击鼠标右键来实现。
Imaris 9.8已经进行了优化,以充分利用罗技MX Master鼠标提供的第二个滚轮,同时在切片器上工作。第二轮翻译(的位置)选片。这提高了验证或编辑对象时的效率,因为现在不需要将光标移出场景就可以实现精确的切片器控制。这个额外的控制也可用于触摸表面和触摸板,垂直(主)滚动保持通常的行为(缩放和光标大小调整),水平滚动翻译切片。
与切片机相关的快捷方式和交互现在是统一的,所以它们可以用于正交和倾斜切片机,以及任何切片机的使用。
现在在对象对话框旁边有一个工具栏可用。它提供了一种简单快捷的方法,可以从任何对象的选项卡中对当前选定的组件应用操作。
它提供的一个特别有用的操作是在对象创建期间更改切片器模式,而不需要切换到设置选项卡。
它还提供了促进与切片器交互的工具。因此,可以将切片器平移到当前选定对象的中心,将切片器对齐到正交方向,或者存储(稍后调用)切片器配置(位置、方向和扩展部分),以便稍后返回到感兴趣的位置。
Imaris 9.8有一个针对纤丝的胞体模型,旨在捕捉胞体的正确形状。
在创建向导中,使用点(起点)检测Soma位置,就像Imaris以前的版本一样。
随后,Imaris9.8计算每个躯体位置周围具有形状的躯体模型。
躯体形状的计算需要对躯体本身进行良好的染色。如果你发现检测到的躯体形状不能很好地代表生物形状,你可以禁用躯体模型,使用起始点代替。(注意,可以从Filaments Edit选项卡的表面导入soma模型。)在Imaris以前的版本中检测到的细丝将继续与Imaris 9.8兼容。
细丝编辑标签现在集成了一个躯体编辑功能。它允许半自动地创建somas。按下Shift+点击后,会在3D场景中3D光标的位置自动创建一个soma。3D光标的大小决定了将在其中计算躯体的图像体积。可以从编辑对话框中改变它的大小,或者直接在3d视图中使用主鼠标滚轮。
如果光标下方有灯丝,则Soma将被放置在鼠标下方灯丝点的中心,并将自动连接到灯丝上。这对于用Soma替换起始点特别有用。
通过从“创建”选项卡中的“树突”步骤重新计算细丝,可以对手动编辑的somata(以及从曲面导入的somata)执行自动细丝计算。
当细丝有胞体时,分支的长度和与胞体的距离是从胞体的边界计算出来的。因此,soma模型提高了枝晶测量的准确性。
躯体模型本身在Imaris 9.8中产生了新的统计:体积、面积、椭圆度、球度、通道强度统计、距原点的距离、边界盒长度、椭球轴、椭球轴长度、质心、均匀质心。
Imaris 9.8中的细丝渲染性能得到了改进,对渲染本身没有视觉影响。
偏好的统计数据现在被收集到子组中。这提供了对激活状态的更好的概述,并提供了启用/禁用相同类型的所有统计信息的简单方法。
Imaris 9.8修复了58个bug | |
6969 | 直接从系统设置自动检测Web代理配置 |
10201 | 由于非常旧的OpenGL版本,切片器视图在OS-X上不处于活动状态 |
10610 | “许可证”小部件不注册对空格所做的复选框更改 |
11086 | 外部对象的句柄应该能够在动画中隐藏 |
11356 | 外部物体无法正确定位 |
11548 | Windows开始菜单上安装的应用程序名称不一致 |
11841 | 随着时间的推移,多个阶段位置3D的ND文件 |
11897 | 更改灯丝基色会触发过多的GUI刷新 |
12041 | “点”的“编辑”选项卡上的选择指针在关闭卷的情况下不工作 |
12054 | Imaris不应仅从反褶积许可证开始 |
12119 | 缝合这些图像时,缝合器保持在半禁用模式 |
12275 | 在轨迹编辑器中,轨迹沿时间轴极度拉伸 |
12279 | 表面轨迹在表面切片器视图中不可见 |
12373 | “全选”功能在9.6中不再可能 |
12558 | 随机块和飞溅出现在表面切片器视图 |
12569 | 在Imaris 9.6和9.7中,ND2没有正确转换-将第二通道的Z片序列反转 |
12578 | 沿袭轨迹时间图不正确 |
12582 | 在“Add Time Point…”中使用“Resample”'将导致奇怪的错误信息,并锁定Imaris |
12606 | 自Imaris 9.2以来,“导出外部对象”不适用于斑点 |
12613 | 与标签编辑器的交互很奇怪 |
12623 | 当轨迹样式为直线时显示的轨迹工件 |
12635 | 超越树选择从多个对象更改为单个对象时,没有正确更新 |
12640 | 点击对象统计后,卷统计不正确 |
12655 | 如果没有许可证和没有互联网连接,错误的指示 |
12663 | 修改输出文件夹行编辑时,ImarisFileConverter将无响应 |
12664 | FileConverter不能正确地转换这些ome.tiff文件 |
12664 | FileConverter不能正确地转换这些ome.tiff文件 |
12666 | 超级分辨率数据点XTension创建一个ims文件,不能被保存 |
12669 | 从安装程序中删除竞技场选项 |
12683 | ImarisViewer在打开此文件时崩溃 |
12687 | 直方图不显示数据,对图像上检测到的表面没有交互作用 |
12692 | 加载带有标记斑点的图像时,“标签颜色”窗口小部件为黑色 |
12693 | 滤镜使用“轨迹到地面的最短距离”冻结海象 |
12700 | 第一个和最后一个切片的表面ortho切片机预览总是黑色的 |
12710 | 在转换这些.tiff时,Imaris会创建不正确的直方图 |
12734 | 当Imaris在处理一个大文件夹时改变观察到的文件夹列表时崩溃 |
12744 | 当改变参考帧名称时,参考帧统计信息不会更新 |
12747 | 切换到“时间已经……”Vantage的“时间视图”中的事件将阻塞Imaris数小时! |
12749 | 首选项>统计信息需要子组以便于选择 |
12754 | 这*。Iv文件不能作为外部对象加载 |
12755 | 导出平均统计信息-缺少组件 |
12767 | 返回到灯丝循环算法中的上一步崩溃Imaris |
12775 | Imaris无法使用一个DIC切片正确转换此3D.nd2文件 |
12779 | 如果组文件夹(里面有spot /Surface Object)被放置在“volume”之上,快照会导致致命的Imaris崩溃 |
12783 | “详细统计信息”选项卡已填充所有统计信息值,即使未创建任何点 |
12788 | 无法转换nd文件 |
12799 | 删除点后不更新参考帧统计 |
12800 | 新保存的斑点对象消失 |
12801 | 使用二维数据集时,原点设置不适用于三维视图 |
12804 | 如果文件名包含中文字符,则Imaris将在保存动画时退出 |
12817 | 批处理不会为特定文件创建点或面 |
12827 | 如果名称中使用了“/”,则无法保存创建参数 |
12844 | “事件”选项卡和“统计信息”选项卡下每个事件的对象数不匹配 |
12845 | 在Imaris 9.0.2和更高版本中,大型远程图像的缓慢渲染 |
12904 | XT Interface GetVersion应该提供构建号和操作系统 |
12906 | 通过XT创建的跟踪曲面未完成,并显示“创建”选项卡 |
12957 | 复制灯丝后颜色编码错误 |
12975 | 对齐后在缝合器中的预览与保存到ims后在Imaris中看到的不匹配 |