食品和农业部门分析师面临的问题范围涉及广泛的样本类型，包括但不限于识别食品中作为污染物发现的未知物质，分析食品材料本身，以及涉及植物基材料的研究。每个分析都提出了自己的一组问题;通过电子显微镜分析样品的准备，确定适当的分析条件，并了解需要什么信息来回答样品所提出的问题。

对于在食品中作为污染物发现的识别物质，x射线ED光谱法是一种常规，但从未是一种功能强大的工具。识别未知材料中的元素并确定它们的比例的能力，最终会导致识别形成污染的物质，并有希望消除污染源。

考虑到食品和植物样品的分析，通常它们的物理组成限制了在不损坏或破坏此类样品的情况下使用的分析条件。因此，这些样品只能产生中等或较低的x射线计数率，这在过去被视为使用EDS x射线光谱法提供实用分析手段的障碍。然而，当前一代的大面积EDS x射线硅漂移探测器的性能显著提高了可从样品中采集到的x射线信号水平，克服了这一限制。这提高了EDS x射线光谱法对食品和农业样品进行有意义的分析和表征的潜力。