创新的3D神经元追踪与Imaris

的伊万里瓷器为神经科学家软件包是研究人员在各种神经科学学科工作的工具的完美组合。Imaris的先进的3D/4D可视化和分析方法与Filament Tracer -最好的类软件，用于自动检测神经元，包括脊柱和其他丝状结构在2D/3D或4D数据集，测量，对象跟踪，绘图，组比较与统计测试和双向接口的定制在Matlab, Java或Python。

现有客户-卫星许可证

追踪神经元，检测细胞和结构

显微图像分析需要基于保存为图像数据的初始信号对多个生物结构进行精确检测。在Imaris中的对象检测将是快速和容易的，因为用户在向导驱动的界面中创建完美的数据模型。与我们的专利火炬™使用Autopath或Autodepth在密集和厚的样本中跟踪神经元是非常有效的，并成为一种独特的体验。

自动跟踪

自动神经元追踪是在基于向导的界面中引导的-沿着灯丝的起点和种子点只需点击几下鼠标即可检测到。

专用算法可用于没有循环或结构可能包含循环的树。
调整多个参数，以确保最佳的检测质量:修改自动计算的阈值，添加/删除灯丝的开始或结束点。
即使图像质量不理想(例如整体低信噪比和/或背景中存在高强度(非灯丝)点)，也可以分割图像。
沿着灯丝的所有树突刺，并创建一个新的对象类

半自动Autopath

Autopath方法推荐用于在多个GBs大小的大数据集(已测试高达1tb)和密集网络(如清除样本、清除组织、整个大脑或血管)中追踪丝状结构。

用户只选择3D的开始和结束点，而最佳拟合灯丝路径计算和突出显示。
跟踪可以在每一个中间步骤之后暂停，然后从选定的端点或分支点重新开始。
纤维直径由结构自动计算
Autopath方法配备了工具，可在密集的神经网络中进行跟踪:Torch, Depth Visibility。

半自动Autodepth

另一种方法推荐用于分析多个gb大小的大数据集(测试的数据高达1tb)和密集的网络，如清除的样本、清除的组织、整个大脑或血管。

用户沿着3D图像中的结构绘制一条线，该线将自动集中在最近的灯丝结构中(最高数据强度)。
绘图可以在多个小步骤中完成，以确保最佳可能的配合
纤维直径由结构自动计算。
Autopath方法配备了工具，可在密集的神经网络中进行跟踪:Torch, Depth Visibility。

目标检测斑点和表面

表面对象可以在不同形状和大小的对象的边界上创建，如细胞、细胞核、核仁、大脑结构或细丝，而斑点对象用于模拟数据中的点或泡状结构，并快速识别数千个结构。

Surface和Spots对象的创建是在基于向导的界面中进行的
表面和点可以编辑，添加或删除在3D空间
曲面可以作为等高线、魔棒或徒手在2D平面上绘制，并重新创建为3D对象
一些统计数据，如物体的数量、位置、体积、面积、椭圆度、结构内部的荧光强度等，都会自动计算出来
表面和斑点物体可以在时间序列中跟踪，这允许监控形状或强度的时间变化，并给出几个运动相关的统计数据，如速度，加速度，位移，轨迹，沿线(用于分割物体)

树突棘的检测与分类

无论选择哪种灯丝跟踪方法(向导驱动的自动跟踪或Autopath/Autodepth模式)，树突棘都可以根据阈值自动检测并精确建模。

全套统计资料包括每节脊椎的数目，长度，体积，面积，直径
树突刺可以根据它们的形态特征进行分类，如长度、头部和颈部直径(即。蘑菇,粗短,丝状伪足)

可视化和动画导出

Imaris提供了一套完整的功能，用于可视化多通道显微镜数据集，从静态2D图像到3D时间序列，无论其大小和格式。使用Imaris的神经科学家用户可以:

组织和管理完整的实验，包括图像和数据分析在Imaris Arena。
使用先进的3D/4D体绘制模式:(MIP，混合投影，阴影渲染，普通阴影)
得益于Imaris高性能IMS文件格式，即使在非常大的3D数据集(TB范围)也能保证平滑导航。
结合体绘制，对象表示，剪切平面和截面切片。
在快照工具中制作高质量的快照，以便在出版物中使用。
通过在关键帧动画工具中添加几个感兴趣的帧，轻松制作包括体积渲染，检测对象，注释，对象运动的动画

统计和测量

在分割图像数据后，Imaris计算了所有检测到的物体的广泛统计数据:细丝、表面和斑点。所有值都可以用于颜色编码，在Imaris中绘制(使用Vantage绘图)或导出。csv或。xls文件格式。下面列出的参数是生物学家最常用的统计类型。Imaris报道更多。

树突

长度
平均直径
分支角
脊柱密度
电阻

丝

树突分支点
树突终端分
Sholl十字路口
脊椎末端点
树突分支水平

刺

长度
体积
平均直径
区域
终点直径

表面

区域
体积
强度
位置(x, y, z)
数量(计数对象)

Imaris对神经科学家的进一步好处

这个包不仅仅是关于跟踪。通过包含各种Imaris模块，您可以在实验期间体验完全的分析自由。

绘图及数据比较

Imaris Vantage绘图工具，使可视化分割的对象在多变量散点图发现隐藏的关系，对象统计。

xyz轴上最多5个变量，大小和颜色)或创建所有检测到的对象(如刺或树突)的画廊，以比较它们的形状。
原始图像与情节的双向互动:当情节上选择的一组对象，也会在原始图像上突出显示。
在单或多变量散点图上轻松地比较控制组和实验组之间选择的统计数据。
检验统计假设使用:t-Test F-test, Kolmogorov-Smirnov, Wilcoxon。
所有创建的图都可以在论文和演示文稿中使用-你可以用快照导出它们。

跟踪算法

Imaris赛道包括在内伊万里瓷器为神经科学家提供多种自动跟踪方法，最适合运动类型。

五种复杂的跟踪算法，也可以处理在帧间出现或消失的物体。
使用以前的目标速度和方向预测未来的位置，以及加权强度信息，使最准确的跟踪可能
直观和灵活的轨道校正工具，一旦自动跟踪完成，可编辑个人轨道

双向自定义接口

Imaris XT模块对用Matlab或Python编写图像分析应用程序代码的科学家特别有用，对每个人都有复杂的图像分析需求，Imaris的主要功能没有完全覆盖。伊万里瓷器XT提供:

访问XTensions的现有库—可为特定应用程序修改的自定义图像分析脚本。bob综合app官网登录
双向接口从Imaris经典编程语言:Matlab, Java或Python和图像导出/导入斐济。
快速开发和集成自定义算法，超越一般图像处理的可能性，并为非常具体的科学应用量身定制。bob综合app官网登录

open-source-coding

额外的资源

伊万里瓷器的学习中心主办了广泛的教程视频，如何到文章和网络研讨会，以指导您通过许多功能的Imaris。我们在下面提供了一些链接，让你开始了解我们的一些最新发展。

相片画廊