Imaris 9.5发布说明

欢迎阅读Imaris 9.5发布说明。请您看一下Imaris发布说明概述有关以前发布的特性和已修复bug的信息。

版本日期:2019年10月17日

表面和斑点的本机距离统计

Imaris9.5的表面和斑点组件本机计算到任何其他表面或斑点的最短距离。计算速度快，能够在大图像上运行。现在，只要为shortestdistancetosurface统计值添加一个spot过滤器，就可以很容易地找到接近表面的斑点。

ShortestDistance Statistics使几个应用程序非常简单:bob综合app官网登录

• 颜色代码斑点或表面从表面的距离。
• 过滤表面内部或外部的斑点。
• 过滤斑点在特定距离带外或内表面。
• 过滤“进入”表面的物体轨迹。

spot有两个新的统计数据:

• ShortestDistanceToSpots:计算从“this”Spots的每个点的中心到其他所有点的中心的最短距离。
• shortestdistancetocomputers:计算从“this”Spots的每个点的中心到所有曲面的边界的最短距离。对于表面外部的点，距离为正，而对于表面内部的点，距离为负。

曲面有两个新的统计数据:

• ShortestDistanceToSpots:计算从“this”表面的每个表面的边界到所有斑点的中心的最短距离。
• shortestdistancetosurface:计算从“this”表面的每个表面的边界到所有其他表面的边界的最短距离。对于完全在其他曲面之外的曲面，距离是正的。对于完全在其他曲面内部的曲面，距离为负。相交曲面的距离为零。

出于性能考虑，可以在每个对象的基础上打开/关闭最短距离统计计算。为了做到这一点，点和面的创建向导在第一个创建选项卡和编辑选项卡上有一个“最短距离计算”复选框(这样在创建后设置也可以更改)。注意，仅在打开设置的组件之间计算最短距离，这意味着“最短距离计算”必须在至少两个组件中打开，才能获得此类统计信息。还要注意，创建的前四个spot或surface组件的“最短距离计算”默认设置为“开”，其他组件默认设置为“关”。

批处理中的本机距离统计

组件之间的最短距离统计产生了组件之间的相互依赖。因此，在创建对象的Batch Setup的第2步中，BatchPipeline中的每个对象只与对象列表中各自对象之上的对象具有最短距离统计信息。在下面的例子中，“点1”有“到表面的最短距离1”，反之则没有。

作为对象相互依赖的另一个后果，可能会发生以下情况。假设您已经在上面的例子中设置了spot，通过到表面的最短距离进行过滤。如果随后使用不同的参数重新构建surface组件，那么也应该重新构建spot组件。Imaris通过以下对话提醒你这种相互依赖:

这个对话框只在必要时弹出。如果Spots1没有被“到表面的最短距离”过滤，那么相互依赖性就不会存在，重建表面时的警告也不会出现。

深刻的表面渲染

Imaris9.5的表面有新的渲染选项。

所有的表面都使用“材质”渲染，可以从“材质预设”列表中选择。许多新的“材质预设”选择有“明亮的边缘”突出区域的表面法线垂直于视线。一些“材质预设”选项在表面添加了一些纹理。这种纹理是一种渲染效果，并不来自原始图像数据。我们希望这对用户来说是显而易见的。

新颜色的标签

所有超越物体都有一个新的颜色标签，与新的表面颜色标签一致。一些材质选择只适用于表面，因为到目前为止只有表面渲染器实现了这种功能。颜色选项卡上的标签颜色选项是基本颜色模式的一部分。这允许比以前的Imaris版本更好地访问基本颜色更改。

体绘制中的视觉无损分辨率变化

大数据体渲染使用多分辨率图像为所有图像强度选择最佳充分分辨率，以渲染到屏幕上的一个像素。在渲染中，体积被细分为块，每个块被采样并在与相机方向正交的切片上渲染。在Imaris9.4之前的版本中，每个块中的切片以金字塔中可用的离散分辨率之一呈现。在Imaris9.5中，每个切片被渲染成两种分辨率水平的混合，这种混合随着与相机的距离而变化。这两种方法如下图所示。

逐片插值分辨率的效果是，当图像旋转或缩放时，离散的分辨率开关几乎不可见。

高性能切片渲染

Imaris的切片渲染器，OrthoSlicer, oblqueslicer, Extended Section View的性能在9.5版本中得到了显著的提升。

所见即所得的动画

动画视图用户界面允许用户配置输出视频大小，并自动调整渲染区域，使其具有与输出视频大小相同的宽高比，这样用户就可以在屏幕上看到电影最终内容的真实预览。

高质量视频输出

Imaris9.5比以前版本的Imaris生成更高质量的h264视频。

直方图改进

在过滤器对话框中，最小和最大阈值滑动块已经改进，以便于使用和批处理中的再现性。当一个滑块被拖到直方图的末尾时，即将最小滑块拖到左边或将最大滑块拖到右边，相应的过滤器阈值将自动失效。

更新的ICS文件阅读器

ICS阅读器已经更新到使用libics 1.6.4版本，它能够读取ICS 2.0版本的格式。

ImarisXT支持Python3

ImarisXT python接口现在支持python 3.7和python 2.7。

MSD XTension

在“点和面”的“XTensions”选项卡上，一个新的XTension“MSD Plot”从轨迹创建了一个“均方位移Plot”。这个图有助于理解观测到的运动是否与布朗运动一致。

画廊视图和Easy3D视图停止使用

画廊视图和Easy3D视图在Imaris中不再可用。我们从使用数据分析中得知，这两款游戏都不是很受欢迎，所以我们决定放弃这两款游戏，以便简化应用。

固定的错误

修正了Imaris 9.5中的86个bug
2064	增加对ICS2的支持
7351	原始曼德斯系数不取ROI
7545	使参考手册中的公式在视觉上更具吸引力
9877	在已删除的时间点中未检测到的斑点
10177	如果使用英特尔图形，打开表面设置选项卡时崩溃
10252	邻位切片器的扩展部分导致渲染非常慢
10733	参考手册定义的细丝-脊柱部分长度地面/颈部/头部不正确
10759	Imaris缝合器9.1.2在Imaris 9.0.2中打开文件
10918	Edit Image Properties窗口应该叫做Image Properties
10990	切片查看器滑块上的“鼠标右键显示帮助”链接到时间条帮助
11022	Imaris9.1和更高版本的3D视图中的OrthoSlicer视图中图形性能下降
11023	GE InCell 512像素数据集加载为2048像素数据集
11036	始终使用相同的灯丝术语
11038	提供“分支”的定义
11040	描述灯丝Pt距离错误
11041	丝纤维。枝枝修改描述和图8
11048	添加“顶点”的定义到纤维统计参考手册
11080	增加对惠更斯.ics "2.0"格式的支持
11081	Imaris文件转换器不保留LaVision OME tiff文件的阶段位置
11128	囊泡在Vantage中没有渲染
11312	惠更斯ICS/IDS沿Z方向翻转
11320	“距离原点的距离”描述缺失
11339	表面复制在“重建”后使“活克隆”
11343	参考手册中支持的文件格式列表不是最新的
11382	参考系漂移校正将参考系置于体积外
11448	LSM文件多位置转换不正确
11452	当批处理时，斑点区域增长忽略“自动”阈值
11473	这个tiff系列无法正确拆分
11496	点击“取消”在创建向导的斑点和表面崩溃Imaris
11533	用动画制作电影时，缩放条会跳来跳去
11551	转换到IMS后，Imaris LIF文件中列出的元数据似乎丢失了
11564	无效的安装程序EULA
11565	从安装程序中删除自述文件
11577	有利的情节崩溃
11599	如果你“保存”一个添加了colc通道的图像，Imaris会崩溃
11619	Imaris启动时崩溃，由注册表重置修复
11622	批处理过程忽略统计选择
11627	缩放Section视图时，缩放条不更新
11633	如果制作了批处理Vantage图，则批处理“还原到原始图像”失败
11637	对于surface, Imaris不仅显示启用首选项的统计信息
11647	如果为不存在的时间点定义ROI中的创建参数，则会崩溃
11650	Arena中普通文件夹缺少帮助链接
11653	VSI-File未正确读取之间添加空片
11665	ImarisStitcher 9.3.1的安装程序将删除ImarisStitcher 9.3.0应用程序
11677	当参考帧平面设置为可见时，相机旋转变化剧烈
11679	Imaris 9.3.1无法正确读取徕卡文件
11692	当禁用Arena和删除当前用户注册表时，首选项崩溃
11696	超越树中超越对象的顺序在更改后不会被保存
11697	应更改观察文件夹对话框的标题
11703	在Imaris9.3中，用于绘制的导出数据被分为三个部分
11706	将导出的csv文件的命名更改回Imaris9.2.1样式
11708	在这个2D数据集上，将斑点分割成表面对象失败
11709	2D ND2图像文件以极小的X Y体素缩放值打开
11714	FileConverter readme必须调整
11728	无效的icsx文件在Imaris竞技场中显示为旧的创建参数图标
11733	Imaris没有选择正确的显卡
11749	9.3升级后融合的最后两个z片图像模糊
11752	Normalize Layers使用缓存时，Imaris崩溃
11756	如果没有找到预设的前缀，则文件尺寸检测将不起作用
11765	如果没有找到预设的前缀，则文件尺寸检测将不起作用
11770	灯丝自动创建无法正确绘制灯丝
11779	双面融合光片的CZI像素缩放差了1000倍
11780	将来自双面融合光片的CZI图像转换为单独的z片
11782	在批量运行这两个文件夹的绘图时，Imaris会崩溃
11784	TIFF图像在转换后不会生成IMS
11786	Vantage不会显示所有选定文件夹的对象
11787	Vantage图包含许多没有任何内容的单元格，与FilamentStats?
11788	保存对于添加到3D菜单的几乎所有超越对象都不起作用，除了四个主要组件
11795	通道移动将改变体素大小
11801	Imaris在保存此文件时崩溃
11805	光源和帧颜色选项卡不应该启用“对象ID”和“轨道ID”
11807	如果相同的名称已经存在并已被删除，则在Arena中创建新文件夹失败
11810	元数据无法正确转换的多维TIFF
11820	如果数据中存储的对象相同，则忽略批处理结果
11823	Imaris安装程序默认禁用了Arena
11843	当选择最接近的样本时，缝合器无法保存重新取样方法
11850	具有较高unicode字符的文件名可能会损坏或无法重新加载
11860	损坏的注册表阻止Imaris启动
11873	Imaris 9.3.1节点锁定license不启动Imaris 9.3.1 -通过重置注册表解决
11874	Imaris在读取时不能正确配置体素大小或通道元数据
11875	位移^2错误
11890	Normalize Layer(s)文档不正确
11895	单元格渲染的GPU负载异常高
11922	Imaris文件转换器正确地转换这些mrc文件，但显示错误
11931	缺少强度统计信息的表面
11937	二维图像中手动输入表面时，细胞强度统计数据未计算或显示