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欢迎阅读Imaris 9.6发布说明。请您看一下Imaris发布说明概述有关以前发布的特性和已修复bug的信息。
版本日期:2020年7月21日
Imaris 9.6着重于将对象分类或标记为“类”，以区分这些类，以便进行下游分析。例如，可以将细胞内的斑点归为a类，将细胞外的斑点归为b类，以区分这两类。
为了方便对象分类和分类对象的分析，我们在Imaris 9.6中引入了几个新特性。
Imaris 9.6的另一个主要变化是大大改进了3DView中的鼠标行为。导航和选择被合并到一个单一模式中，用户不再需要按Esc键进行模式切换，而在以前的Imaris版本中，用户必须学会这样做。
你马上会注意到的第三个主要变化是3DView中相机工具栏的新外观。
在Imaris 9.6的spot和surface创建向导中，可以根据Imaris为每个对象计算的统计值设置分类规则。
Classification User Interface的顶部允许您设置要应用的分类器的数量、每个分类器的“输入”和类型。“输入”下拉菜单让你在有多种可能的情况下选择要分类的对象。例如，当您有一个带有点轨迹的时间序列时，您可以选择根据轨迹统计信息对轨迹进行分类，或者根据点统计信息对单个点进行分类。此外，在添加第二行以添加第二个分类器时，可以选择第一行中设置的一个类作为输入。
使用Filter1D可以通过为特定的单个统计值指定阈值来将对象划分为类。例如，使用这种类型的分类器，可以很容易地将具有低“速度参考框架”值的对象分配给一个类，并将具有较大“速度参考框架”值的对象分配给其他类。
使用Filter2D可以根据以下截图所示的两个统计值将对象划分为类。
在Imaris 9.6中，Filter2D对话框中的类只能用矩形定义。如果您遇到其他形状更可取的情况，请告诉我们。我们构建的Filter2D对话框是朝着我们可以在未来的Imaris版本中继续的方向迈出的第一步。
自动化分类的第三种可能性是训练机器学习分类器(ML)。训练前机器学习的对话框如下所示。
您可以在3D视图中选择对象，然后单击“添加”按钮，为所选对象分配到的类。这将它们添加到“训练集”中。
一旦向训练集添加了一些有用的示例对象，当按下“训练和预测”按钮时，机器学习算法的实际训练和预测就会发生。因此，算法预测了不在训练集中的每个对象的类。
训练机器学习分类器的一种非常有效的方法是从一个相对较小的、可以快速创建的训练集开始，然后看看算法能从中预测出什么。第一个预测可能会对一些物体分类错误。如果你在3D视图中选择这些错误分类的对象，并将其添加到你想要的类中，那么你就为机器学习算法提供了有价值的信息，当你再次按下“训练和预测”时，算法就可以“高效地学习”。重复这种预测、修正和训练的循环可以让你有效地达到预期的结果。
Imaris中的自动对象分类将Imaris为每个对象计算的统计值作为输入，根据这些统计值计算类。Imaris为每个对象计算大量的统计值:对象内每个通道的强度统计值、对象的体积和形状、被跟踪对象的速度和到其他对象的最短距离。在Imaris 9.6中，我们添加了更多的统计值，这对对象分类非常有用。新值如下:
spot saveragedistancetonearestneighbors统计数据为spot提供了有用的密度测量。平均距离大的地方，密度就低。这些统计数据可用于区分具有不同斑点密度的区域。
为了让机器学习分类器拥有一个好的特征集，Imaris专门为机器学习计算了大量的特征。这些特征不会出现在正常的统计值集合中。在大多数情况下，没有必要查看为机器学习计算的统计值列表。机器学习统计信息列表仅在机器学习用户界面的“设置”选项卡中可见。该列表的可用性主要是为了让专家能够“深入了解”机器学习分类器获得的输入值。
对于感兴趣的读者，我们推荐下面这篇文章，它描述了一种类似于在Imaris中实现的方法的机器学习方法:“显微图像中生物粒子的自动识别。”模式识别字母28.1(2007): 31-39。Ranzato等人利用多尺度特征不变量来移动和旋转，正如Koenderink和van Doorn最初描述的那样，“视觉系统中局部几何的表示”。生物控制论55.6(1987): 367-375。
为了对光斑进行分类，Imaris在1倍光斑半径到8倍光斑半径的范围内计算二阶高斯导数。这创建了一组大的移动和旋转不变特征，描述了一个点周围的局部图像强度，最高可达二阶。在机器学习统计列表中，这些特性的名称都以“JET”开头。你可以把这些特征看作是描述每个通道在该地点位置上的局部“强度景观”，即景观的高度、陡峭程度和弯曲程度。除了原始通道的高斯导数外，Imaris还计算描述图像局部“纹理”的特征。为此，它计算一个捕获原始信道中局部极值位置的二值图像，并从这个二值图像计算与原始信道强度相同的高斯导数。在机器学习统计列表中，这些特征的名称都以“TEX”开头。这两组特征一起为机器学习分类器提供了许多有用的特征。
对于曲面的机器学习分类，Imaris使用现有的统计值，另外计算更多的值，提供额外的强度和形状信息。计算表面边界上每个通道的强度，用于机器学习。为了提供更多的形状描述符，Imaris计算了完全适合表面的最大球体的位置和半径，并由此衍生出许多特征。最简单的是最大球体本身的半径。伊马里斯还计算了围绕最大球体中心的贝壳表面的“相对重量”，以及围绕质心的贝壳表面的“相对重量”。计算了两种不同类型的“权重”。我们用表面内部的体积作为“重量”。另一个用表面积作为“重量”。在机器学习统计列表中，这些特征的名称是ShapeVolumeHistogramOnCenter ShapeAreaHistogramOnCenter, ShapeVolumeHistogramOnBFS和ShapeAreaHistogramOnBFS。这些值由移位、旋转和缩放不变量构成。 The original Surfaces statistics together with the machine learning statistics provide a lot of information about the shape of a surface and can be very useful for a machine learning classifier for surfaces.
在Imaris 9.6中，Imaris的斑点、表面、丝线和细胞组件都有一个“编辑标签”选项卡，允许用户手动标记对象。这个用户界面取代了以前3D视图的相机工具栏上的标签用户界面。
“编辑标签”选项卡的顶部用于设置组，每个组将作为统计表中的列显示。“编辑标签”选项卡的底部用于设置所选组中的标签。要为对象分配标签，必须在3D视图中选择对象，然后单击相应标签的“分配”按钮。
注意，每个对象只能接收标签组中的一个不同标签。为了给一个对象分配多个标签，需要创建多个组。
在Imaris 9.6中，Vantage 1D View允许您按标签拆分值，以方便进行简单的视觉比较。这使得查看对象类之间的统计差异非常简单。例如，如果您将spot分类为曲面的内部或外部，那么您可以在Vantage1D中并排的图中轻松比较这两组的任何统计数据。
通过点击“超越对象和标签”用户界面中的“链”图标，可以将一个图“分割”为多个不同标签的图(如果对象被分配了不同的标签)。“超越对象和标签”用户界面中的“三角形”便于更改图的顺序。
Imaris 9.6有一个用于2D散点图的新模块。2D散点图可以让您快速显示两个变量之间的统计关系。例如，下面的2D散点图显示了“速度”和“位置X参照系”之间的明确关系。
为了进一步分析这种关系，你仍然需要从Imaris中导出统计数据并使用统计软件进行工作，但在Imaris Vantage 2D中，你可以在另一个软件中开始统计分析之前快速查看数据。
Imaris 9.6有一个新的颜色选择器，当你点击颜色按钮时弹出。
点击颜色条旁边的三角形，可以放大它，以提供对更多细节的访问。
Imaris 9.6的3DView允许在没有模式切换(Esc-Key)的情况下导航和选择对象，这在以前的Imaris版本中是必需的。在新版本中，鼠标按下+拖动通常导致导航，除非鼠标点击击中一个带有操纵器的选定对象，如剪切平面或参考框架。如果不拖动鼠标，则“鼠标释放”是导致组件选择和对象选择的操作。要使用操作器操作Ortho切片器、剪切平面和其他对象，必须在使用鼠标-按+拖操作之前选中这些对象。
在一些罕见的情况下，新的行为可能具有挑战性。在这些情况下，您可以使用强制导航的alt键．
Imaris 9.6清楚地区分了3D视图中的超越组件选择与斑点/表面/细丝/细胞组件中的对象选择。当您左键单击当前未选中的组件时，那么所发生的惟一事情就是该组件将成为所选组件。什么都没有。当您左键单击已经选择的斑点/表面/细丝/细胞组件时，组件内的对象选择就会改变。可以简单地说:“第一次单击选择组件，第二次单击在组件内工作”。对于其他对象也一样，比如参考框架。第一次单击选择它们。第二次单击允许您修改它们。
为了在组件中高效地选择对象，我们在3D视图中的“普通”选择鼠标模式旁边添加了圆圈选择鼠标模式。在圆圈选择模式下，鼠标指针周围有一个圆圈，圆圈的整个区域作为对象的选择区域。这允许您通过一次单击选择许多对象。使用Ctrl+Click，你可以将圆圈后面的所有对象添加到所选对象中，或者，如果圆圈内的所有对象已经被选中，你可以用Ctrl+Click将它们从选择中删除。
注意，在circle - select模式下，圆心仍然保持“正常”的作用，即当它碰到当前未选中的组件时，它会更改超越树中所选的组件。
esc键以及键1和2可以让你在“指针选择模式”和“圆圈选择模式”之间快速切换。
在Imaris中处理时间数据和跟踪对象时，有时选择“整个轨迹”很有用，有时选择轨迹中的单个对象也很有用。例如，可以使用统计值“到最近邻居的距离”对点进行过滤，目的要么是选择具有一定“到最近邻居的距离”的所有点，要么是选择包含某些具有一定“到最近邻居的距离”的点的所有轨道。前者发生在选择展开设置为“对象选择”时。后者发生在选择扩展设置为“全轨道选择”时。当你处理时间序列图像时，3DView中的工具栏可以方便地访问选择扩展选项。
Imaris 9.6可以打开BDV文件，而不需要转换到IMS。
Imaris 9.6支持使用几种不同的压缩方法对IMS文件进行写入和读取:a)兼容b)更小的文件c)更快的保存。
Compatible选项使用gzip压缩。
“更小的文件”选项结合使用HDF5洗牌和gzip压缩。
“更快的保存”选项使用LZ4压缩而不是gzip压缩。
请注意，“更小的文件”和“更快的保存”选项生成的文件无法在9.6之前的Imaris版本中打开。
在高分辨率的显示屏上，最近的操作系统提供了“缩放”功能，允许用户选择文本和按钮的大小。Imaris 9.6是支持该特性的第一个Imaris版本。你现在可以舒服地在高分辨率显示器上运行Imaris，有适合你的大小的按钮和文本。
注意，Imaris的图形质量和性能都受到高分辨率显示器的影响。Imaris可以在高分辨率显示器上渲染更多细节，这需要计算成本。如果你换成高分辨率的显示器，你应该考虑到这一点，并将其附加到一个能够快速呈现该显示器的GPU上。
| 修复了Imaris 9.6中的64个bug | |
| 6914 | 更改设置选项卡将导致使用客户数据集时崩溃 |
| 7650 | 同一文件在mac和windows上的时间点数不同 |
| 9012 | 在Windows 4K HIGH DPI中，使用“更大”显示缩放绘制的动画工具栏很糟糕 |
| 10304 | 巨大的2D ND2 |
| 10418 | 在Vantage中，检查/取消检查对象不像预期的那样工作 |
| 10743 | 新表面做了一个粗糙的遮罩通道 |
| 10862 | 注释复选框不能正常工作 |
| 10864 | 切换显示关闭/打开后，选择颜色丢失 |
| 11328 | Imaris文件转换器在转换新的多文件时崩溃 |
| 11354 | ND2文件转换给出体素大小和舍入误差 |
| 11367 | 更改体素大小后，数据卷不更新 |
| 11569 | 机械手远离图像，在细胞切片机显示模式下不能移动 |
| 11684 | 来自Aurox系统的OME XML/TIFF在Imaris中是“空的”(生物格式没问题)) |
| 11687 | 在创建向导中使用任何ROI时，ImarisCell Slicerviewer都被破坏了 |
| 11745 | 在Imaris中将图像保存为OME TIFF失败 |
| 11758 | Imaris无法正确读取.vsi文件的时间间隔 |
| 11761 | Imaris单元无法识别二维体积中的空白空间 |
| 11764 | 无法使用“保存”按钮保存colc通道 |
| 11768 | 与9.2转换相比，转换后的ND2文件大两倍 |
| 11862 | 如果表面是手工绘制的等高线，则点位放置(物体表面)失败 |
| 11871 | 按“Ctrl+Shift+G”关闭(崩溃?)没有任何消息 |
| 11880 | 正确漂移会抛出“内存不足”的错误，一个小的时间间隔图像 |
| 11903 | 表面创建参数显示在批量点位存储参数之后 |
| 11925 | 表面预览模式 |
| 11956 | 当阈值高于默认值时，表面预览与实际检测到的表面非常不同 |
| 11960 | 表面选择在批量设置步骤2中不起作用 |
| 11967 | 无法在MacOS Catalina 10.15.0上运行Imaris 9.5.0 |
| 11975 | 批处理参数不能以名称为“/”字符保存 |
| 11978 | 当转换前打开两次对话框时，使用配置文件系列将tiff系列转换为ims不工作 |
| 11980 | 表面中心点在统计编码和对象ID下都是白色的 |
| 11981 | 每当Preferences被打开时，就会触发最短距离计算 |
| 11983 | Imaris 9.5.0声称没有有效的许可证，即使有，也可以正常启动 |
| 11990 | 在灯丝起点阈值中单击右键也可以设置较低的阈值 |
| 11993 | 材料标签复选框出现在太多的地方 |
| 12003 | 当对象类型更改为细胞核时，单元格透明度级别返回默认值 |
| 12005 | 无法读取oib文件 |
| 12019 | CZI文件有多个贴片转换为ims只有一个贴片 |
| 12022 | 图像数据保存在IMS的大端布局 |
| 12028 | 无法激活Stitcher Demo许可证 |
| 12033 | 在非ims文件上单击批处理显示错误:"未知文件格式" |
| 12037 | 带有标签复选框的新颜色选项卡没有反映在参考手册中 |
| 12040 | 文件转换器只转换。czi数据集的第一个贴图 |
| 12046 | 在打开不同的图像后，注释仍然保留 |
| 12071 | 2D表面显示很奇怪 |
| 12072 | Imaris9.5中的ICS/IDS文件转换失败 |
| 12094 | ICS(2) PC导入错误(通道移位，强度错误);Mac导入正确 |
| 12101 | 这个tiff文件没有正确转换 |
| 12102 | ImarisConvert忽略 |
| 12103 | 创建多个轮廓曲面会导致崩溃 |
| 12106 | 在Arena(和FileConverter)中的LIF文件转换在PC上失败;Mac的作品 |
| 12107 | 平均统计数据 |
| 12113 | Imaris在“编辑”批处理(反褶积)参数时崩溃 |
| 12123 | 带刺的灯丝数据不能导出平均统计数据 |
| 12125 | ims文件与损坏的表面 |
| 12142 | 缝合安装程序没有安装所需的Java版本 |
| 12170 | 在Image Proc通道选项卡内滚动会导致Imaris崩溃 |
| 12184 | 当从“2”后退时，在批处理创建过程中崩溃 |
| 12197 | MCR 2014b安装程序不能在MacOS 10.15.x上运行 |
| 12208 | 状态栏显示白色边框 |
| 12224 | MacBooks上的HostID问题 |
| 12238 | 改变轨迹颜色不起作用 |
| 12260 | 从表面视图切换到切片视图需要太长时间 |
| 12277 | ImarisStitcher无法在macOS 10.15 Catalina中缝合由于Java |
| 12283 | 自定义Python 3.7 x张力无法从Imaris 9.5从超越对话框菜单(齿轮选项卡)启动 |
| 修正了5个bug (Imaris 9.6.0之后) | |
| 12372 | 在步骤阈值和过滤种子点之间来回时崩溃 |
| 12365 | xtension不会启动。载入库时出现致命错误…mclbase.dll |
| 12406 | 选择colc选项卡，150%或更高的窗口缩放崩溃Imaris |
| 12511 | 自9.6.0以来，Imaris不识别从。tif转换而来的。ims文件 |
| 12545 | 在Windows中将日期/时间和格式设置为英文以外的任何语言，将导致向导输入带有小数点的数字时出现问题 |
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