Imaris 9.7发布说明

欢迎阅读Imaris 9.7发布说明。请您看一下Imaris发布说明概述有关以前发布的特性和已修复bug的信息。

版本日期:2021年2月9日

Imaris 9.7涉及两个主题:动力学和结构。新的测量和新的图提供了有用的信息和分析。

Imaris 9.7提供了一种简单的机制，可以根据为每个细胞独立定义的“事件”同步来自整个种群的测量，从而促进了单个细胞的动态研究。例如，在分裂细胞的电影中，分裂发生在不同的时间点，我们可以在细胞分裂时为细胞定义一个事件，然后绘制与事件相关的时间同步的测量图。

Imaris 9.7允许用户解决一个重要问题:“点和表面之间是否存在相互作用(空间关系)?”为了回答这个问题，Imaris计算了距离表面d距离内的光斑数量，将其作为距离的函数，并将观测到的光斑与完全空间随机性条件下的光斑模拟进行了比较。使用这种从空间统计的方法，用户可以研究点和表面之间的相互作用。

最佳时间图

为了研究动力学现象，我们在Vantage模块中添加了一个时间图。它绘制了通过超越物体(如斑点、表面、细胞或细丝)测量的统计值。该图显示了中位数以及25%和75%分位数随时间的变化，它可以让您轻松地在不同超越对象之间或单个超越对象的不同类之间建立比较。

当跟踪对象时，Imaris会自动记录“从跟踪开始的时间”统计值。在Vantage Time Plot中，您可以选择此时间作为x轴，例如生成MSD图(均方位移图)。

时间轴的其他选择来自于事件的定义。例如，当使用谱系跟踪算法跟踪单元格时，每个单元格分裂都会创建一个事件，这将导致名为“event time event = TrackSplit”的时间统计信息，Imaris计算该统计信息以绘制单元格分裂前后的统计值。

这幅图显示了有丝分裂前后染色体所占的体积。要从在不同时间点划分的许多单元格中获得这样的图，必须根据相对于“event time event =TrackSplit”统计信息中捕获的事件的时间同步所有度量值。Imaris 9.7自动生成此测量结果。

事件

Imaris 9.7引入了“事件”的概念，允许在时间轴上按“事件”排列时间序列数据。如图1c所示，以同一图像中的三个细胞在不同时间进行有丝分裂为例。图1a中的图表显示了三个细胞的DAPI通道的强度与采集时间的关系。图1b显示了将图1a时间轴上的事件对齐后的相同图形。

图1。三种有丝分裂细胞的DAPI强度。a)强度图与获取时间关系。b)分别为每个细胞定义染色体凝结峰值的事件后，根据“EventTime”绘制强度图。c)时间序列，单元事件用粉色表示。

“创建向导”中的事件选项卡

事件可以在spot或surface的创建向导中定义。要做到这一点，首先必须将对象分类到不同的类中，然后当对象从一个类“切换”到另一个类时，可以为轨道中的对象设置“ClassChange”事件。这种方法可能看起来有些间接，但它的好处是可以利用分类工具定义事件的所有可能性。

事件设置对话框允许您添加任意数量的事件，并且可以为每个事件定义感兴趣的类更改。例如，您可以基于点与曲面之间的最短距离设置一个“内部”和一个“外部”类，当点与曲面的距离为负时，将其标记为“内部”，否则标记为“外部”。然后，您可以设置一个事件来捕获一个点从“外部”变为“内部”，并设置另一个事件来捕获从“内部”变为“外部”。您定义的每个事件为具有此类事件的跟踪中的所有对象生成相应的事件时间统计信息。然后，该统计值作为Vantage Time图的x轴可用。

TrackSplit和TrackMerge事件

当以跟踪分割或合并的方式跟踪对象时(通过继承跟踪、连接组件跟踪、最大重叠单元格或手动跟踪)，则紧靠分割之前或合并之后的对象将获得TrackSplit或TrackMerge Event，对于具有分割或合并的跟踪中的所有对象，将计算事件时间“Event time Event= TrackSplit”。

手动事件编辑

在对象创建后，可以在“编辑事件”选项卡中手动编辑事件。要将事件分配给对象，请选择该对象，并在想要分配给该对象的事件上按“分配”。

形象的事件

在Imaris 9.7中还可以向时间序列图像的某些时间点添加“Image Events”。这也将导致事件时间统计点和表面，细胞和细丝，所以这些事件时间统计可以再次被用作在Vantage time的时间轴。

为了设置图像事件，Imaris的时间栏收到了一个事件切换按钮，如果当前时间点还没有事件，该按钮将在当前时间点添加一个事件。如果当前时间点有事件，事件切换按钮将从当前时间点删除事件。

现有的图像事件在时间轴上呈现为黄色矩形。

事件时间统计

当为音轨中的对象定义了event时，Imaris 9.7将自动为音轨中的每个对象计算一些新的统计信息。

TimeSinceEvent	距离上一次事件最近的时间。在第一个事件之前，它有负值。
TimeToEvent	离下一个事件最近的时间。在最后一个事件之后，它的值为负值。
EventTime	if(TimeSinceEvent < TimeToEvent) { EventTime = TimeSinceEvent; 其他}{ EventTime = -TimeToEvent; ｝

计算EventTime是为了“围绕事件”绘制统计数据。它的定义有些武断，但它通常很好地满足了“围绕事件”绘制统计数据的目的。

表面重叠统计

为了帮助研究两组表面之间的关系，Imaris 9.7计算了测量表面重叠的统计值。

• 重叠体积到表面表面-该特定曲面与其他曲面上所有曲面的重叠区域的体积。
• 与表面重叠的体积比-重叠体积与表面的比例和特定表面的体积。

Vantage空间统计

Imaris 9.7提供了一些有用的工具来研究这个问题:“点和表面之间是否存在相互作用?”以及接下来的问题:“在什么距离上我们观察到吸引/排斥?”

这种分析的出发点是测量距离表面d距离内的累积光斑数，其不太可靠的对应方法是测量距离表面d距离处的光斑数。

Imaris 9.7然后模拟随机定位的点(与观测到的点数量相同)，并在模拟的期望值周围生成随机化包络。这有助于进行有用的比较。由于模拟的斑点在结构上既不被表面吸引也不被表面排斥，它们提供了一个有用的零假设，偏离这个零假设表示吸引或排斥。

由累积图推论

当观测到的累积函数超过模拟时，它表明“吸引”，或者更简单地说，在到表面的各自距离内观测到的斑点数量大于随机模拟的预期。当观测到的累积函数低于模拟时，它表明“排斥”，或者更明确地说，在到表面的各自距离内观测到的斑点数量低于随机模拟的预期。

从直方图推断

在直方图中，我们可以观察到，在距离表面斑点的距离上，出现的数量比随机定位所预期的要多或少。在这个例子中，在距离表面3.5微米的距离上，我们观察到的斑点数量比从随机定位中预期的要多。

概率密度图

概率密度图类似于直方图，因为它表示距离表面一定距离的点的密度。这个图比直方图更平滑，因为它是使用核密度估计构建的。核平滑也应用于观测数据和模拟数据(以下[Duranton 2005])。内核宽度显示在图的图例中。

随机信封

随机点的随机化包络线是从1000个模拟中计算出来的，它包含了98%的模拟，1%的模拟在随机化包络线以上，1%在随机化包络线以下。当观察曲线位于随机化包络线之外时，拒绝观察结果完全随机的假设是合理的。

模拟区域

请注意理解用于模拟随机点的区域是推理的基础。用Imaris9.7的图可以检测到模拟区域中完全空间随机性的偏差。Imaris9.7为模拟随机斑点的区域提供了3种选择:表面内部、表面外部或表面内外。此外，Imaris9.7将自动将模拟斑点所在的表面(内外)的距离限制为每个图的x轴上显示的距离。

为了可视化模拟随机点所在的区域，可以使用表面距离变换函数(见下文)来计算从表面的距离变换，并只考虑x轴上显示的范围内的距离。

Imaris 9.7所采用的方法是基于空间统计领域的成熟方法。在统计术语中，Imaris9.7绘制了观测到的点的“强度”作为到表面的最短距离的函数[Baddeley 2015年第6.6章]。在[Baddeley 2015年第10章]中，你可以找到随机化信封和假设检验的描述。在为Imaris 9.7构建方法时，[Gomariz 2018]的分析作为模型。

图像强度作为到表面距离的函数

Imaris 9.7提供了一个图，显示每个图像通道的平均图像强度与距离地面d的关系。这个图可以让你检查某些通道的强度是否随着距离表面的距离而变化。显然，我们期望这对于计算曲面的通道是这样的。你可能会发现其他通道也表现出强度随距离的变化。

Imaris的表面距离变换

通过表面编辑对话框上的“蒙版选择”或“全部蒙版”按钮，现在可以计算距离变换了。结果是一个新的浮点图像，它具有一个通道，在每个体素上保存从体素中心到表面的最短距离的值。该距离是计算内部和外部的表面。曲面内的距离变换值将是负的。

唯一的新HostID简化了工作流程

Imaris9.7改进了对安装许可证的计算机的标识符的计算。以前用户必须选择HostId，现在Imaris自动计算唯一ID，不需要用户选择。

点击这里有关如何更新您的许可证的说明。

确认

我们要感谢Alvaro Gomariz和César nombella - arrieta的支持和关于空间统计及其在Imaris中的应用的讨论。

文学

• [Baddeley，张亚梅，宋勇，罗夫·特纳。空间点过程对空间协变量依赖性的非参数估计统计及其接口5、no。2(2012): 221-236。
• [Baddeley 2015] Baddeley, Adrian, Ege Rubak, Rolf Turner。空间点模式:方法与R. CRC出版社，2015。bob综合app官网登录
• [Gomariz 2018] Gomariz, Alvaro, Patrick M. Helbling, Stephan Isringhausen, Ute Suessbier, Anton Becker, Andreas Boss, Takashi Nagasawa等。用3D显微镜定量分析骨髓微环境中造血调节基质细胞的空间。自然通讯9号，no。1(2018): 1-15。
• [杜兰顿，2005]杜兰顿。“使用微地理数据进行定位测试。”《经济研究评论》第72期。4(2005): 1077-1106。
• [Ripley1981]李志明。空间统计学。卷》575。约翰·威利父子公司，2005年出版。

固定的错误

修正了Imaris 9.7中的84个bug
10010	很难确定在管理员中选择了哪个许可证-用Imaris管理员中的QTreeView替换QTableView
10740	在Imaris 9.1中添加纤维丝()。x的工作原理类似于之前的SetFilament()，即删除当前的灯丝
10757	Micromanager(1.4.23)中的OME Tiff文件不能被转换
10846	创建向导的“编辑表面”步骤不起作用
10849	有些.lsm文件打开时强度值不正确
11408	ND文件的2D贴图没有正确读取，而是叠加在一起
11472	帮助x张力表面分裂误导
11659	公式%的数据集共域错误
11774	当Imaris和ImarisViewer同时打开时，观察文件夹列表和观察文件夹可能会丢失
11794	如果有两个以上的独立树突，则为脊柱骨折
11798	在移动帧时，统计计算经常发生
11801	Imaris在保存此文件时崩溃
11851	支持相位视图灯表数据格式
11916	测量对象会显著改变鼠标缩放行为
11929	测量点不精确地放置在表面物体的表面上
11940	创建参考框架后，统计数据不显示
11972	Imaris在PlantCell_with_objects.ims上执行重建表面/完成时崩溃
12011	colc模块中的Manders'拼写错误
12012	两通道比的通道算法导致Imaris在改变新通道的映射颜色时崩溃
12021	Vantage全屏崩溃
12043	Imaris在导入无效的ims文件时崩溃
12065	轨道:颜色类型>统计编码>高级配置没有任何效果
12085	没有重叠的多图像会导致错误的细胞强度统计
12086	Imaris无法转换这些.tiff图像
12114	如果“固定”大小模式下的快照大小被更改，则缩放条显示错误的值
12120	Imaris在提取通道上崩溃
12124	使用客户数据集的“添加图像”更改已加载文件的体素大小
12137	命名为“µ”的OIF数据集无法打开
12161	灯丝点的材质编辑器仍然包含“扩散/镜面/发射”复选框
12174	参考手册中缺少关于斑点质量过滤器的信息
12202	在批处理设置中，鼠标光标不会更改为表示标尺修改的可能性
12210	帮助-关于Imaris没有立即显示
12227	有些时间间隔是错误的
12232	不正确的ometiff文件转换
12235	黑色条纹出现在蒙面频道
12269	通道可见性不存储在“保存”中
12271	多图像表面ROI在错误的图像中显示音量高亮
12278	无法在切片视图的批处理表面创建中隐藏通道
12296	无法关闭首选项窗口
12304	描轮廓时方向键不能正常工作
12318	在大空白区域点击时，没有上下文帮助
12325	轨迹编辑器中的对象颜色不随颜色选项卡更改
12326	轨迹编辑器中的快照无法导出正常图像
12330	提取通道对黄蜂图像无效
12334	文件转换器日志文件丢失
12335	在MAC上，使用暗模式时，安装程序按钮是白色的
12340	在创建向导的Filter 2D Classification步骤上需要轴标签。
12343	在带annotation的选项卡视图中，“Camera”面板没有名称
12354	复选标记“标签覆盖基本颜色”不记得状态
12365	xtension不会启动。载入库时出现致命错误…mclbase.dll
12372	在步骤阈值和过滤种子点之间来回时崩溃
12387	忽略用户设置的数据缓存和线程数
12390	Imaris 9.6.0编程接口页面标题显示为9.7
12395	Imaris在编辑种子点和使用音量预览时崩溃
12396	圆圈选择不适用于有细胞核的2D单元格
12399	自动重置显示调整位置，如果在所有情况下离开屏幕
12401	表面分裂使用种子点破碎产生重叠
12405	Stitcher许可证对话框报告“连接失败!”
12406	选择colc选项卡时，窗口缩放比例为150%或更高，会导致Imaris崩溃
12418	总体统计信息没有集合和类名称
12424	ImarisCell的表面掩蔽导出2D图像失败
12429	IMS文件的场景文件打开错误-无法加载场景。bpTimes::FindTimeBegin(…)- IdTimeBegin 0不存在。”
12430	Imaris 9.6的表面遮罩不准确
12445	Nd2文件转换失败
12447	机器学习分类使Imaris崩溃。
12452	本机距离计算在此图像上崩溃
12455	无法写入文件-错误时按'保存'后漂移修正
12458	改进对内存和数据缓存首选项的描述
12460	编辑表面有时会导致崩溃
12461	ImageJ TIFF第二通道没有正确读取-填满了零
12464	任何人都可以使用竞技场“情节”中的Vantage
12471	安装Viewer 9.6时缺少MSVCR120.dll
12481	没有有效的许可证对话框出现4次
12502	从相同的图像导入场景(带有添加组件选项)会在重复的组件之间创建相关性
12511	自9.6.0以来，Imaris不识别从。tif转换而来的。ims文件
12520	Imaris 9.6无法转换/加载ICS2文件
12543	9.6参考手册，第2.9节为旧版本优势说明
12545	在Windows中将日期/时间和格式设置为英文以外的任何内容都会导致向导输入带有小数点的数字时出现问题
12592	动画的主题id -自定义旋转对话框错误
12611	Imaris在显示斑点平均统计数据和更改时间点时冻结
12634	与9.5.1相比，9.6和9.7 beta的漂移修正不再有效
12644	2D数据集上的“通道提取”随机崩溃
12653	XT ImarisApplication.SaveSnapShot()不工作
12673	“右键鼠标-显示帮助”链接断开，用于“首选项-统计测试”