如何使用Labkit与Imaris

与伊万里瓷器9.9表面创建向导现在可以选择使用Labkit，一个斐济的机器学习像素分类插件。Imaris和斐济之间的图像共享是通过ImgLib2-Imaris桥并且需要Imaris XT许可证。

机器学习像素分类可能会在Imaris Surfaces不太适合的情况下提供结果。

使用Labkit for Imaris的说明:

1.在Imaris中打开图像并添加Surface组件以启动Surface创建向导。

2.在源通道/阈值步骤中，选择“Labkit for Pixel Classification”，并决定您的实验是需要使用1个通道还是所有通道进行分割。

3.然后点击蓝色的“下一步”按钮。Imaris将从斐济开始，并将图像发送到Labkit。

4.在Labkit UI中，你会在一个类似bdv的查看器中看到你的图像。e.你将从图像中看到一个2D平面，你可以在这些平面之间滚动。

使用Labkit的提示和技巧

- 点击Labkit左上角的设置按钮，显示一个用于每个频道显示调整的窗口面板。
- 与BDV一样，用于缩放的鼠标控制与Imaris不同。
  - 在Labkit中，滚动轮允许你在图像的2D平面上滚动，因为它是定向的。
  - 要放大Labkit按住Shift + Ctrl同时使用滚轮。
  - 使用鼠标右键平移，使用鼠标左键旋转。
  - 大量使用Imaris的用户可能会无意中旋转他们的图像。使用“视图”菜单下的“重置视图”选项恢复到XY视图。
- 对于分类器训练，通常最好是画小区域而不是画大区域，因为Labkit使用每个绘制的像素进行训练，这可能会消耗大量的计算机资源，而不会对结果有太大改善。
- 尽可能使用gpu加速。
- Imaris内的Labkit集成允许一次创建1个Surfaces组件。然而，分割结果作为标签图像从Labkit, ilastik, StarDist和其他开源工具，现在可以导入到Imaris作为曲面通过一个新的导入按钮超越视图。

5.一旦你调整了你的频道显示，并准备训练分类器切换到顶部菜单栏的钢笔工具。笔尖的大小可以用笔刷大小滑块来调整，默认情况下背景标签是选中的。然后继续在你的图像上绘制你认为是背景的东西来训练分类器。

6.切换到前景标签，在图像上绘制，以训练分类器，使其了解您认为是前景的内容。

7.完成绘制后，点击“分割”下的“Labkit像素分类”按钮，然后点击“齿轮”图标进入“像素分类设置”窗口。在这里你将打开GPU加速。此Labkit特性依赖于先前安装的CLIJ而且CLIJ2插件和适当的硬件。然后点击“确定”。(在这个对话框中还有其他选项。我们建议首先使用Labkit的默认设置。)

8.要将您的图纸发送到分类器，单击“分割”下的“播放”按钮(三角形指向右侧)。将出现一个“正在进行的培训”对话框，然后结果将以块方式显示。

9.如果您对结果不满意，则继续迭代绘图，训练分类器，并检查结果。一旦你满意，点击Labkit窗口左下角的“计算结果并将其发送到Imaris”按钮。将显示一个显示Labkit进度的新窗口。

10.一旦Labkit计算出整个分割，图像将出现在Imaris中，表面创建向导现在处于“分割触摸对象”步骤。

11.继续使用曲面创建向导，通过对象分割、统计过滤和机器学习对象分类进一步完善分割结果。

相关资产